La terra intorno al lago è la casa della tribù Thao. Si tratta di un popolo aborigeno. Secondo la leggenda, i cacciatori Thao scoprirono il lago Sun Moon dopo aver inseguito un cervo. Il cervo li condusse al lago. Scoprirono che il lago era bellissimo e aveva molti pesci. Un'isola al centro del lago è considerata il luogo di culto del popolo Thao.
Il lago si chiamava in passato Lago Candidius. Prese il nome dal missionario Georgius Candidius. Il lago fu chiamato per la prima volta Sun Moon Lake nel 1821, in un libro chiamato Travels to Shueilishe di Deng Chuan-an. Durante la dinastia Qing, i cinesi cominciarono a trasferirsi nella zona intorno al Sun Moon Lake. Molte persone volevano aprire ristoranti, alberghi e negozi lì.
Quando Taiwan era governata dal Giappone, hanno fatto molti cambiamenti. Le prime centrali elettriche furono costruite nel 1934. La costruzione durò 15 anni e il progetto iniziò nel 1919. La ferrovia Jiji Line fu costruita per aiutare la costruzione delle centrali elettriche. L'isola di Lalu fu rinominata "Isola di Giada". I giapponesi costruirono una grande diga nel 1931 che rese il lago molto più grande. Nel 1946, il nuovo governo cinese ribattezzò il lago "Isola Kuanghua". Il nome rimase così fino al terremoto del 921 del 1999 che danneggiò l'isola. Dopo il terremoto, l'isola fu rinominata "Lalu Island". Fu rinominata perché il governo taiwanese voleva aiutare a preservare la cultura Thao.
Nel 1967, fu creato un centro di cultura aborigena per aiutare a preservare la cultura Thao. Nel 1975, il centro fu aperto. Nel 1990, uno yacht si capovolse mentre era in acqua. Questo causò la morte di 57 persone. Solo 25 persone sono sopravvissute. Nel 2012, un'immagine del Lago Sun Moon è stata usata nei passaporti della Repubblica PopolareCinese. Questo ha fatto arrabbiare il governo taiwanese perché dicono che Taiwan e il Lago Sun Moon non fanno parte della Repubblica Popolare Cinese.
