Fiver, un coniglio con il dono di vedere il futuro, che vive a Sandleford Warren, vede nel futuro la sua casa distrutta da un costruttore di terreni. Convince suo fratello Hazel a parlare con il Capo Coniglio, Threarah, di lasciare il Warren, ma il Capo Coniglio non ha intenzione di andarsene. Hazel, Fiver e altri nove conigli partono quindi alla ricerca di una nuova casa (all'epoca, solo sulla base dei sogni di Fiver che una buona casa li aspetta da qualche parte lontano).
Viaggiano attraverso foreste, campi, fiumi e strade piene di hrududu (automobili) prima che la stanchezza li costringa a fermarsi in una conigliera guidata da un coniglio di nome Cowslip. Dopo molte discussioni, i conigli accettano di rimanere nella conigliera di Cowslips. La conigliera, tuttavia, sembra loro sbagliata (specialmente Fiver) a causa delle strane usanze dell'altro coniglio.
Ben presto scoprono che le strane azioni che i conigli di Cowslip stanno mostrando sono dovute al fatto che vengono semplicemente nutriti e curati da un contadino in modo che li uccida, uno per uno, per il cibo. Lasciano la conigliera di Cowslip, anche se Bigwig rischia di morire lungo la strada.
Continuano ad andare finché non arrivano al sito di Watership Down, un'alta collina lontana dall'uomo e piena di buon cibo e sicurezza. Dopo un giorno o due nella buona terra che Fiver aveva promesso loro, Hazel viene nominata capo coniglio non ufficiale di Watership Down. Tuttavia, Hazel si rende conto che non ci sono do (conigli femmine) tra di loro, e non possono avere una sana conigliera di conigli senza do.
Hazel più tardi salva un grosso gabbiano di nome Kehaar, che è stato ferito da un gatto. Dopo aver curato Kehaar, Keharr accetta di aiutare i conigli per il momento, in cambio della loro gentilezza nei suoi confronti. Dopo essere stato chiesto da Hazel di controllare la zona, Kehaar trova una grande conigliera chiamata Efrafa a sud della loro posizione. Dopo aver sentito che Efrafa è grande e troppo affollata, Hazel manda quattro conigli a Efrafa per chiedere se possono riportare alcuni conigli nella loro conigliera.
Tuttavia, Efrafa, essendo una grande conigliera con troppi conigli, è strettamente controllata da un coniglio chiamato generale Woundwort e dal suo grande esercito. Ad ogni coniglio viene detto quando e dove possono mangiare, dormire e altro. Nulla accade senza l'ok del generale, incluso lasciare la conigliera. I quattro conigli scappano a malapena dopo aver fatto uno scherzo a un capitano dell'Efrafan.
Nello stesso momento in cui i quattro conigli sono a Efrafa, Hazel guida un piccolo gruppo per indagare sul rapporto di Kehaar che c'è una fattoria con alcuni conigli in gabbia, tra cui delle coniglie. Dopo alcune incursioni, i conigli Watership fanno evadere alcuni conigli in gabbia dalla fattoria, ma Hazel viene colpita mentre esce. Fiver ha però una visione dove si trova Hazel, e Hazel viene trovata e riportata in salute.
Sentendo ora com'è Efrafa, l'indebolita Hazel decide di liberare i conigli da Efrafa. Tutti i conigli della Watership viaggiano con cautela fino ai confini di Efrafa. Fingendo di essere un coniglio solitario errante, Bigwig si infiltra in Efrafa come ufficiale della loro Owsla. Segretamente, però, Bigwig sta aiutando ad ottenere conigli per aiutare l'evasione. Incontra Hyzenthlay e Thethunninnang, due conigli che gli dicono che, se ha un piano funzionante, loro e qualche altro coniglio tenteranno la fuga con lui.
Dopo aver quasi dovuto combattere contro il generale Woundwort, Bigwig e i conigli evadono da Efrafa con l'aiuto di Kehaar. Naturalmente questa fuga viene notata dalle guardie, e presto il generale stesso e il suo piccolo esercito raggiungono Bigwig e i conigli in fuga. Riescono a fuggire solo perché Kehaar attacca Woundwort. Woundwort continua a inseguire i conigli fino a un ruscello, e i conigli scappano su una piccola barca. Due conigli muoiono sulla strada per Watership Down, ma la maggior parte dei conigli arriva sana e salva.
I conigli sono felici di vedere i nuovi conigli. Tuttavia, un topo di campagna avverte i conigli che il generale Woundwort e una piccola squadra d'assalto stanno arrivando. Il generale attacca quindi la conigliera nella notte, mentre i conigli Watership Rabbits si dirigono verso le loro tane più profonde, bloccando i tunnel nel tentativo di tenere fuori gli Efrafani.
Mentre è in una tana, Fiver sviene per le troppe visioni che gli arrivano contemporaneamente. Nel frattempo, Hazel ha una visione su come fermare gli Efrafani. Hazel dice a Bigwig di rimanere lì a combattere e lui porta Blackberry e Dandelion fuori dalla tana. Il piano di Hazel è di usare il cane della vicina fattoria Nuthanger per sconfiggere gli Efrafani.
Il piano di Hazel funziona, ma Bigwig e Hazel sono feriti nel processo. Il generale Woundwort scompare, per non essere più visto. Il capitano Campion e gli altri aggressori tornano a Efrafa, dove Campion diventa Capo Coniglio.
Hazel vive a lungo come Capo Coniglio di Watership Down, mentre la sua conigliera va bene ed è pacifica. Fiver si riprende e Bigwig diventa il rispettato capitano della guardia.
