Dopo un'infanzia un po' travagliata, Anna fu psicanalizzata da suo padre. Quando la sua analisi fu completata nel 1922, divenne lei stessa una psicoanalista. Insegnò all'Istituto di Formazione Psicoanalitica di Vienna la tecnica dell'analisi infantile. Dal 1925 al 1934, fu la segretaria dell'Associazione Psicoanalitica Internazionale. Continuò l'analisi infantile e i seminari e le conferenze sull'argomento.
Dopo l'Anschluss nel 1938 i Freud fuggirono da Vienna e vennero a Londra. Freud stesso stava morendo di cancro, così Anna gestì la casa. Anna ebbe un disaccordo professionale con Melanie Klein, che era arrivata a Londra molto prima, ed era già affermata come psicologa infantile. Una serie di "discussioni controverse" furono tenute dalla Società Psicoanalitica Britannica. Le discussioni riguardavano la formazione e le idee di entrambe le parti. Alla fine fu raggiunto un accordo che entrambe le "scuole" dovessero coesistere all'interno della Società. La Società ora ha tre divisioni di formazione: Kleiniana, Freudiana e Indipendente.
Durante la guerra, Freud studiò l'effetto della privazione delle cure parentali sui bambini. Creò un centro per giovani vittime di guerra, chiamato "The Hampstead War Nursery". Qui i bambini venivano affidati, con le madri incoraggiate a visitarli il più spesso possibile.
Nel 1947, Freud e Kate Friedlaender stabilirono i corsi di terapia infantile di Hampstead. Cinque anni dopo, fu aggiunta una clinica per bambini. Freud iniziò a dare lezioni di psicologia infantile.
Dagli anni '50 fino alla fine della sua vita Freud viaggiò regolarmente negli Stati Uniti per tenere conferenze, insegnare e visitare amici. Durante gli anni '70 si occupò dei problemi dei bambini emotivamente deprivati e socialmente svantaggiati. Alla Yale Law School, insegnò seminari sul crimine e la famiglia.
Freud morì a Londra il 9 ottobre 1982. Fu cremata al Golders Green Crematorium e le sue ceneri furono poste in una mensola di marmo accanto all'antica urna funeraria greca dei suoi genitori. La sua amica di una vita Dorothy Burlingham e molti altri membri della famiglia Freud riposano anche lì.
