Sanger si è ritirato nel 1983 a casa sua, "Far Leys", a Swaffham Bulbeck, fuori Cambridge.
Nel 1992 il Wellcome Trust e il Medical Research Council hanno fondato il Sanger Centre (oggi Sanger Institute), che porta il suo nome. L'Istituto si trova nel Wellcome Trust Genome Campus vicino a Hinxton, a pochi chilometri dalla casa di Sanger. John Sulston, il direttore fondatore, chiese a Sanger se il centro potesse essere nominato in suo onore. Sanger fu d'accordo, ma ammonì: "Sarà meglio che sia buono". Fu inaugurato da Sanger stesso il 4 ottobre 1993, con uno staff di meno di 50 persone. L'Istituto ha ora un ruolo di primo piano nel sequenziamento del genoma umano. L'Istituto conta oggi più di 900 persone ed è uno dei più grandi centri di ricerca genomica del mondo.
Pur conservando la sua avversione per la violenza, ha perso la sua fede religiosa quacchera e si definisce agnostico. In un'intervista pubblicata sul quotidiano Times nel 2000 si dice che Sanger abbia detto: "Mio padre era un quacchero impegnato e io sono stato cresciuto come quacchero, e per loro la verità è molto importante. Mi sono allontanato da queste convinzioni - uno è ovviamente alla ricerca della verità, ma ha bisogno di qualche prova. Anche se volessi credere in Dio, lo troverei molto difficile. Avrei bisogno di vedere delle prove".
Ha rifiutato l'offerta di un cavalierato perché non desiderava essere chiamato "Signore", ma in seguito ha accettato l'assegnazione di un Ordine al Merito.
Nel 2007 la British Biochemical Society ha ricevuto una sovvenzione dal Wellcome Trust per catalogare e conservare i 35 quaderni di laboratorio in cui Sanger ha registrato le sue notevoli ricerche dal 1944 al 1983. Nel riportare la questione, la rivista Science ha notato che Sanger, "la persona più autolesionista che si possa sperare di incontrare", ora trascorreva il suo tempo a fare giardinaggio nella sua casa nel Cambridgeshire.
Morte
Sanger è morto il 19 novembre 2013 nella sua casa di Cambridge, Inghilterra, a 95 anni. La sua biografia scientifica è in corso di redazione per la pubblicazione nel 2014.
