L'analisi delle sequenze in biologia molecolare comporta l'identificazione della sequenza dei nucleotidi in un acido nucleico, o degli aminoacidi in un peptide o in una proteina. Una volta ottenuto un campione, le sequenze di DNA possono essere prodotte automaticamente dalla macchina e il risultato visualizzato sul computer. L'interpretazione di questi risultati è ancora un compito dell'uomo.

Le informazioni provenienti dall'analisi delle sequenze sono utilizzate in molti campi della biologia. Fornisce informazioni sulla relazione tra organismi individuali o tra gruppi di organismi. Mostra quanto sono strettamente correlati.