Jones nacque nel quartiere di Smithfield a Londra. Suo padre, chiamato anche Inigo Jones, era un lavoratore di stoffa del Galles. Da giovanissimo, come apprendista falegname alla Cattedrale di St Paul. Qualche tempo prima del 1603 un ricco mecenate (forse il conte di Pembroke o il conte di Rutland) lo mandò in Italia per studiare disegno. Dopo l'Italia viaggiò in Danimarca dove lavorò per il re Cristiano V ai progetti per i palazzi Rosenborg e Frederiksborg del re. Quando tornò in Inghilterra iniziò a lavorare come designer e architetto di teatro. Nel settembre 1615, il re Carlo I nominò Jones come geometra generale dei lavori del re. Dal 1629 al 1635 lavorò per gli edifici di Covent Garden.
La carriera di Jones come architetto a tempo pieno terminò con lo scoppio della guerra civile inglese nel 1642. Il Parlamento d'Inghilterra sequestrò tutte le case del re nel 1643. Nei suoi ultimi anni Jones visse a Somerset House nel centro di Londra. Morì lì il 21 giugno 1652. Fu sepolto con i suoi genitori nella chiesa di St Benet. St Benet's era la chiesa gallese della città di Londra.