Johannes Peter Müller (14 luglio 1801 - 28 aprile 1858), era un fisiologo, anatomista comparato, ittiologo ed erpetologo tedesco. Nel 1833 divenne professore di fisiologia all'Università di Berlino.
Nell'ultima parte della sua vita si dedicò principalmente all'anatomia comparata. I pesci e gli invertebrati marini erano i suoi soggetti preferiti. Ha fatto 19 viaggi nel Baltico e nel Mare del Nord, nell'Adriatico e nel Mediterraneo per studiare la vita di acqua salata.
È autore di un'opera completa sull'anatomia degli anfibi, che alla sua epoca comprendeva anche i rettili. Inoltre, ha descritto diverse nuove specie di serpenti.
Müller ha fatto da mentore ad alcuni illustri fisiologi e biologi, tra cui Hermann von Helmholtz, Emil du Bois-Reymond, Theodor Schwann, Friedrich Gustav Jakob Henle, Carl Ludwig e Ernst Haeckel. Nel 1834 fu eletto membro straniero dell'Accademia reale svedese delle scienze. Nel 1854 gli fu conferita la Medaglia di Copley della Royal Society.