Primi anni
Jonathan Dee (il suo vero nome) è nato a Londra in una famiglia gallese. Il cognome Dee deriva dalla parola gallese du, che significa "nero". Si è laureato al St. John's College di Cambridge a diciotto anni. È stato uno dei fondatori del Trinity College. Ha insegnato per un po' di tempo a Cambridge. Poi lasciò l'Inghilterra per studiare nell'Europa continentale e tenere lezioni a Parigi e a Lovanio. Tornò in Inghilterra nel 1540.
Nel 1555 fu arrestato e accusato di praticare la magia nera per aver lanciato oroscopi della regina Maria e della principessa Elisabetta; le accuse furono estese al tradimento contro Maria. Dee apparve nella Camera delle Stelle e si scagionò. Quando fu rilasciato, divenne consigliere scientifico della regina Elisabetta Uno, decidendo persino la data migliore per la sua incoronazione nel 1558.
Ha viaggiato in Europa con i soldi di Elisabetta I. Forse faceva la spia per lei. Divenne uno stretto collaboratore di molti esploratori e imprenditori elisabettiani come Sir Humphrey Gilbert.
Nel 1564, Dee scrisse l'opera ermetica Monas Hieroglyphica ("La monade geroglifica") su un simbolo del suo stesso disegno che rappresentava l'unità mistica di tutta la creazione. Quest'opera fu molto apprezzata da molte persone del tempo di Dee. Tuttavia, c'era un segreto che è andato perduto. Questo rende il libro difficile da capire oggi.
Pubblicò una "Prefazione matematica" alla traduzione inglese di Henry Billingsley degli Elementi di Euclide nel 1570. Scrisse di quanto la matematica fosse importante per le altre arti e scienze. Poiché questo libro è stato scritto per il pubblico, è stata l'opera più popolare di Dee.
Vita più tardiva
Dee non era soddisfatto della sua conoscenza. All'inizio degli anni 1580, iniziò ad usare modi soprannaturali per ottenere più conoscenza. Voleva ottenere la conoscenza dagli angeli.
Incontra Edward Kelly nel 1582 e Kelly diventa la sua compagna. Kelly era un falsario condannato. Kelly aiutò Dee a ottenere visioni dagli angeli usando una sfera di cristallo. Gli angeli diedero loro un linguaggio chiamato enochiano e dettarono diversi libri attraverso Kelly. La sfera di cristallo di Dee finì al British Museum. Passò inosservata per molti anni nella collezione di minerali. La maggior parte delle carte ancora esistenti di Dee si trovano anche al British Museum.
Ultimi anni
Nel 1583, mentre Dee era via in Europa, la sua casa e la sua biblioteca a Mortlake furono distrutte da una folla. Più tardi, Dee arrivò a credere che molti dei suoi libri fossero stati rubati da ex amici e soci. Chiese aiuto alla regina Elisabetta. Lei lo fece direttore del Christ's College di Manchester nel 1592. Rimase in questa posizione fino al 1604.
Quando la regina Elisabetta Uno morì nel 1603, morì anche l'influenza di Dee: fu costretto a ritirarsi nella sua casa di Mortlake, dove morì in povertà.