Primo termine
Una delle prime iniziative di Howard fu quella di unire i governi statali dell'Australia per mettere al bando il possesso di armi in Australia. Questa mossa venne dopo il massacro di Port Arthur in Tasmania nel 1996, dove 35 persone furono uccise e altre 37 ferite per mano di un uomo armato. Nel 1998, Howard e il suo tesoriere, Peter Costello portarono una grande riforma fiscale (la GST) alle elezioni e vinsero.
Secondo termine
Nel 1999 il governo di John Howard tenne un referendum per decidere se l'Australia dovesse diventare una repubblica e avere un presidente invece di una regina. Tuttavia, John Howard non sostenne il referendum ed esortò la gente a votare no. L'opposizione del Partito Laburista Australiano guidata da Kim Beazley criticò la gestione di John Howard della disputa sul lungomare australiano del 1998.
Nel 1999, Howard ha guidato una forza delle Nazioni Unite a Timor Est (INTERFET), per aiutarli a creare una democrazia indipendente.
Terzo termine
Dopo gli attacchi dell'11 settembre, John Howard è stato coinvolto in questioni mondiali. Era vicino a George W.Bush che era il leader degli Stati Uniti. George Bush definì John Howard un "alleato chiave". John Howard inviò le truppe della SAS in Afghanistan e in Iraq per sostenere gli Stati Uniti, e firmò un accordo di libero scambio con gli Stati Uniti. Nonostante questa alleanza, l'Australia è rimasta abbastanza neutrale su Israele e Palestina.
Come prima di Howard, il commercio australiano con l'Asia è aumentato mentre John Howard era leader. Ha invitato il leader cinese Hu Jintao a parlare al Parlamento australiano per la prima volta. Dopo lo tsunami del Boxing Day del 2004, John Howard chiamò il presidente dell'Indonesia e offrì un miliardo di dollari per aiutare. John Howard aumentò molto l'immigrazione e la gente venne in Australia da tutto il mondo, ma cercò di fermare le barche di persone che arrivavano senza chiedere prima il visto.
Quarto mandato
Nel 2005, ha reso più facile per i padroni sbarazzarsi dei lavoratori introducendo la controversa legislazione industriale WorkChoices introdotta dal suo ministro delle relazioni sul posto di lavoro Kevin Andrews. Questo sconvolse la gente e il Partito Laburista divenne più popolare. Il 24 novembre 2007 Kevin Rudd vinse le elezioni e John Howard smise di essere primo ministro. John Howard perse anche il suo seggio in Parlamento a favore della candidata del Partito Laburista Maxine McKew, una ex giornalista televisiva della ABC.