Dopo l'attacco, gli Stati Uniti hanno accusato Al-Qaeda, che gli Stati Uniti ritenevano un gruppo terroristico. Il presidente George W. Bush ha detto che avrebbe iniziato una "guerra al terrorismo". Intendeva dire che gli Stati Uniti avrebbero fatto più cose per cercare di fermare il terrorismo in futuro. Bush ha detto che questo aveva lo scopo di proteggere gli americani e le loro proprietà dai terroristi. Per esempio, il governo americano sarebbe stato riorganizzato. La sicurezza e il controllo nei luoghi pubblici è stato reso più forte, specialmente negli aeroporti. Agli americani veniva detto ogni giorno se c'era una seria minaccia di terrorismo. (Questo è stato fatto dando un colore per la giornata. Il rosso significava che c'era un alto rischio, il verde significava un basso rischio, e c'erano molti livelli in mezzo).
La Guerra al Terrore ha portato anche a guerre vere. Il leader di Al-Qaeda, Osama bin Laden, viveva nell'Emirato islamico dell'Afghanistan. Gli Stati Uniti hanno detto al governo dell'Afghanistan, chiamato Taliban, di consegnare loro bin Laden. I Talebani non lo avrebbero fatto. Il leader dei Talebani, il mullah Muhammad Omar, ha chiesto di ottenere prove dal governo degli Stati Uniti. Se le prove non fossero state fornite, il mullah Omar ha detto che non avrebbe consegnato bin Laden. Il presidente George W. Bush ha detto che non aveva bisogno di fornire prove. Gli Stati Uniti sono poi andati in guerra contro l'Afghanistan. I Talebani sono stati rimossi dal potere, un nuovo governo è stato messo al potere e un nuovo presidente è stato scelto dal popolo afghano.
Mentre questo accadeva, il governo degli Stati Uniti è cambiato in qualche modo. Il Dipartimento dei Trasporti degli Stati Uniti (DOT) ha creato la Transportation Security Administration (TSA). Prima dell'11 settembre, la sicurezza negli aeroporti americani era garantita dalle compagnie aeree. La TSA ha fatto del governo il suo compito di fornire la sicurezza aeroportuale. Nuovi ufficiali sono stati assunti dalla TSA per lavorare negli aeroporti e per volare sugli aerei come sceriffi dell'aria. La TSA fornisce anche la sicurezza sui treni e sulle metropolitane americane. È stato anche creato un nuovo Dipartimento per la sicurezza interna. Il loro compito è diventato quello di proteggere gli americani e le loro proprietà all'interno degli Stati Uniti. Quando questo dipartimento è stato creato, la TSA è passata dal DOT alla Homeland Security.
Dopo aver sconfitto i talebani, il presidente George W. Bush ha pensato che gli Stati Uniti dovessero invadere l'Iraq. Credeva che l'Iraq aiutasse i gruppi terroristici, compresa al-Qaeda. Ha detto di avere le prove che l'Iraq stava anche fabbricando armi di distruzione di massa. Ha inviato il Segretario di Stato Colin Powell alle Nazioni Unite per mostrare loro alcune delle prove. Nel marzo 2003, gli Stati Uniti hanno iniziato l'invasione dell'Iraq. (Vi hanno partecipato anche altri quattro paesi, tra cui il Regno Unito, l'Australia, la Polonia e la Danimarca). Il governo dell'Iraq è stato rovesciato e il popolo iracheno ha eletto un nuovo governo. Non furono trovate armi di distruzione di massa in Iraq.
Il 2 maggio 2011, i SEAL della Marina degli Stati Uniti hanno ucciso il leader di Al-Qaeda Osama bin Laden, che ha guidato gli attacchi dell'11 settembre 2001, tra gli altri tentativi terroristici.