Per molto tempo, il Portogallo ha controllato Timor Est e l'ha chiamata la Colonia di Timor Portoghese. Nel 1975, l'esercito portoghese se ne andò, e Timor Est fu invasa (conquistata) dall'esercito indonesiano nel 1975. L'invasione fu molto violenta. L'esercito rimase lì fino al 1999, quando cedette il controllo del territorio con l'aiuto delle Nazioni Unite.
All'epoca, il governo degli Stati Uniti disse che non sapeva che l'Indonesia avrebbe invaso Timor Est. Ma documenti segreti, rilasciati dal 2002 al 2005, mostrano che Henry Kissinger, il Segretario di Stato degli Stati Uniti, lo sapeva e ha sostenuto l'invasione.
Quando ottenne l'indipendenza il 20 maggio 2002, divenne il primo paese a diventare indipendente nel ventunesimo secolo (dall'anno 2001). Nel 2006, quando il Montenegro divenne indipendente, Timor Est non era più l'ultimo arrivato.
Da allora, Timor Est non ha ricevuto molta attenzione nelle notizie. Recentemente, l'artista musicale colombiana Shakira ha fatto una canzone chiamata "Timor", che parla del paese. L'attenzione è dovuta al fatto che ci sono stati combattimenti a Timor Est tra bande (gruppi di criminali armati) e forze di sicurezza (l'esercito del paese). L'Australia, un grande paese vicino, ha inviato truppe per fare la pace.
Timor Est è un piccolo paese situato tra l'Australia e l'Indonesia, 3.000 anni fa, Timor Est era un'isola montuosa composta da indigeni migranti dalla Nuova Guinea, Australia e Melanesia.
C'erano alcuni migranti dall'Austronesia che cercavano una nuova vita su quest'isola. Alcune persone arrivarono dalla Cina meridionale e dall'Indocina settentrionale in cerca di commercio perché Timor Est aveva risorse che potevano essere esportate, come il legno di sandalo, il miele, gli schiavi e la cera.
Durante la seconda guerra mondiale, i giapponesi occuparono la regione, incontrando una forte resistenza ai loro tentativi di costringere la popolazione a coltivare alimenti per le loro truppe e l'esportazione. All'epoca il 30% della popolazione morì.
Il 25 aprile 1974, le forze armate portoghesi guidate dal generale António de Spínola organizzarono un colpo di stato militare contro il regime di Salazar chiamato la Rivoluzione dei Garofani. Dopo questa rivoluzione, il Portogallo decise di dare la libertà ai paesi colonizzati.