Al censimento del 2000, c'erano 49.832 persone, 21.294 famiglie e 15.672 famiglie che vivevano nella contea. La densità di popolazione era di 103 persone per miglio quadrato (40/km²). C'erano 24.452 unità abitative con una densità media di 50 per miglio quadrato (19/km²). La composizione razziale della contea era 87,27% bianco, 8,83% nero o afroamericano, 0,27% nativo americano, 1,17% asiatico, 0,02% isolano del Pacifico, 0,96% di altre razze e 1,47% di due o più razze. Il 5,09% della popolazione era ispanica o latina di qualsiasi razza. Il 90,1% parlava inglese, il 5,0% spagnolo e l'1,2% tedesco come prima lingua.
L'1,8% della popolazione si è identificata come appartenente alle Indie occidentali non ispaniche.
Nel 2000 c'erano 21.294 famiglie di cui il 21,10% aveva bambini sotto i 18 anni che vivevano con loro, il 62,80% erano coppie sposate che vivevano insieme, l'8,10% aveva una donna capofamiglia senza marito, e il 26,40% non erano parenti. Il 21,60% di tutte le famiglie erano composte da persone che vivevano da sole e il 12,00% aveva qualcuno che viveva da solo che aveva 65 anni o più. La dimensione media della famiglia era di 2,32 e la dimensione media della famiglia era di 2,67.
Nella contea la popolazione era distribuita con il 17,90% sotto i 18 anni, il 4,80% dai 18 ai 24, il 20,30% dai 25 ai 44, il 28,30% dai 45 ai 64, e il 28,60% che aveva 65 anni o più. L'età mediana era di 50 anni. Per ogni 100 femmine c'erano 92,10 maschi. Per ogni 100 femmine dai 18 anni in su, c'erano 89,90 maschi.
Il reddito mediano per una famiglia nella contea era di 40.214 dollari, e il reddito mediano per una famiglia era di 45.625 dollari. Gli uomini avevano un reddito mediano di 31.184 dollari contro i 24.865 dollari delle donne. Il reddito pro capite per la contea era di 21.879 dollari. Circa il 6,70% delle famiglie e l'8,70% della popolazione erano sotto la soglia di povertà, compreso il 15,70% di coloro che avevano meno di 18 anni e il 4,40% di coloro che avevano 65 anni o più.
La contea di Flagler è stata classificata come la contea in più rapida crescita della nazione dall'Ufficio del Censimento degli Stati Uniti dal 2000 al 2005, con un cambiamento del 53,3%, con una stima della popolazione del 1° luglio 2005 a 76.410.
