La sorgente del Dajabón si trova sul monte
Pico de Gallo, sul lato nord della Cordillera Central. Scorre attraverso la provincia di
Dajabón e poi fa parte dei limiti tra
Haiti e la
Repubblica Dominicana. La sua foce è nella baia di Manzanillo, sull'Oceano Atlantico.
La sua portata (volume d'acqua che passa attraverso una sezione del fiume per unità di tempo) è di 2,84 metri cubi al secondo a Don Miguel, una località a pochi chilometri a sud della città di Dajabón.
La città di Dajabón è la più importante città dominicana vicina al fiume. Scorre anche attraverso la città di Loma de Cabrera. Anche la città haitiana di Ouanaminthe è vicina al fiume.
L'affluente più importante è il fiume Capotillo (in Haiti, fiume Bernard). Non c'è nessun affluente importante nella parte bassa.
Il fiume Capotillo fa parte del confine settentrionale tra Haiti e la Repubblica Dominicana fino a quando si unisce al fiume Dajabón tra le città di Loma de Cabrera e Dajabón. Poi il confine segue il corso del fiume Dajabón.