C'è stata una chiesa in questo luogo per più di 1300 anni da quando Etheldreda, regina di Northumbria, fece una concessione di terre verso il 674. L'abbazia benedettina fu costruita quasi interamente con pietre provenienti dalle vicine rovine romane. La cripta sassone rimane ancora; così come uno sgabello frith, una 'cattedra' o trono del 7°/8° secolo.
Nell'anno 875 Halfdene il danese devastò tutto il Tyneside e la chiesa di Hexham fu saccheggiata e rasa al suolo.
Verso il 1050 un certo Eilaf fu messo a capo di Hexham, anche se, come tesoriere di Durham, probabilmente non ci andò mai. Eilaf fu incaricato di ricostruire la chiesa di Hexham che allora giaceva in totale rovina. Suo figlio Eilaf II completò il lavoro, probabilmente costruendo in stile normanno.
In epoca normanna, la vecchia abbazia fu sostituita da un priorato agostiniano. La chiesa attuale è di quel periodo (1170-1250 circa), nello stile architettonico del primo inglese (gotico). Il coro, i transetti nord e sud e i chiostri risalgono a questo periodo.
L'estremità orientale fu ricostruita nel 1860, e il resto dell'Abbazia fu in gran parte ricostruita intorno al 1900. Questo mastodontico progetto comportò la ricostruzione della navata, i cui muri includono alcune parti della chiesa precedente. La navata fu riconsacrata nel 1908. Nel 1996 fu creata un'ulteriore cappella all'estremità orientale della navata settentrionale del coro. Chiamata St Wilfrid's Chapel, offre un posto per la preghiera o la riflessione tranquilla.