Alla fine del 1800, la British North Borneo Company (BNBC) iniziò a stabilire colonie in tutto il Borneo settentrionale (oggi Sabah). Nel 1882, la Compagnia fondò un piccolo insediamento sull'isola di Gaya (Pulau Gaya), che era già abitata dal popolo Bajau. Nel 1897, questo primo insediamento fu bruciato e distrutto dai ribelli Bajau guidati da Mat Salleh.
Dopo la ribellione, la Compagnia decise di trasferire l'insediamento sulla terraferma più facilmente difendibile di fronte a Pulau Gaya. Un vicino villaggio di pescatori chiamato Api-Api (vedi nomi originali sotto), fu il successivo insediamento della Compagnia. Questa nuova località fu poi designata come porto principale e porto, così come il capolinea della ferrovia del Borneo settentrionale. Fu ampliato e ribattezzato Jesselton, dal nome di Sir Charles Jessel, l'allora vicepresidente della Compagnia.
Alla fine, Jesselton divenne un importante centro commerciale del Borneo del Nord, trattando gomma, rattan, miele e cera. La nuova ferrovia fu usata per trasportare le merci al porto di Jesselton. Le rivolte dei Bajau in questo periodo non erano rare, e la Compagnia si adoperò per reprimere l'annosa minaccia della pirateria nella regione.
Jesselton fu rasa al suolo dagli inglesi in ritirata all'inizio della seconda guerra mondiale per evitare che cadesse nelle mani dei giapponesi. Dopo la presa del Borneo da parte dei giapponesi, fu nuovamente rinominata Api. Ribellioni contro l'amministrazione militare giapponese hanno avuto luogo ad Api. Una grande ribellione avvenne nel 1943 da parte del gruppo chiamato Kinabalu Guerrillas, composto da abitanti locali. La ribellione fu comunque sedata dalle forze giapponesi, dopo che il loro leader, Albert Kwok, fu arrestato e giustiziato nel 1944. Nelle fasi successive della guerra, ciò che rimaneva della città fu nuovamente distrutto dai bombardamenti alleati come parte della Campagna del Borneo nel 1945, lasciando solo tre edifici in piedi. La guerra nel Borneo del Nord terminò con la resa ufficiale della 37a Armata giapponese da parte del tenente generale Baba Masao a Labuan il 10 settembre 1945.
Dopo la guerra, la British North Borneo Company tornò ad amministrare Jesselton ma non fu in grado di finanziare gli enormi costi di ricostruzione. Cedettero il controllo del Borneo del Nord alla Corona britannica nel 1946. Il nuovo governo coloniale scelse di ricostruire Jesselton come capitale del Borneo del Nord al posto di Sandakan, anch'essa distrutta dalla guerra.
Quando il Borneo del Nord insieme a Sarawak, Singapore e la Federazione della Malesia formarono la Federazione della Malesia nel 1963, lo stato divenne noto come Sabah e Jesselton rimase la sua capitale. Jesselton fu rinominata Kota Kinabalu il 30 settembre 1968 e ricevette lo status di città ufficiale dal governo malese il 2 febbraio 2000.
Etimologia
Kota Kinabalu prende il nome dal monteKinabalu, circa 90 chilometri a est-nord-est della città. Il significato e l'origine del nome Kinabalu è incerto. Una teoria suggerisce che significa "vedova cinese", dove Kina significa "cinese" (persona) in lingua Kadazandusun, e balu significa "vedova" in lingua malese. Questa teoria deriva da un racconto popolare su un principe cinese che venne sulla montagna alla ricerca di una perla gigante che era custodita da un drago in cima alla montagna. Mentre era qui, sposò una donna locale, ma poi tornò in Cina e lasciò la donna con il cuore spezzato. In alternativa, si sostiene anche che Kinabalu o Akinabalu sia il nome del drago che custodisce la perla gigante stessa. Un'altra teoria suggerisce che il termine deriva dal nome Aki Nabalu che significa "luogo venerato dei morti", in cui, Aki significa "antenati" o "nonno", e Nabalu è un nome della montagna nella lingua Dusun. Infine c'è anche una fonte che sostiene che il termine ha avuto origine da Ki Nabalu, dove Ki significa "avere" o "esistere", e Nabalu significa "spirito dei morti".
Kota è una parola malese per "forte", "città", o "città". È anche usato formalmente in alcune altre città malesi, per esempio, Kota Bahru, Kota Tinggi, e Kota Kemuning. Potrebbe anche essere usato informalmente per riferirsi a qualsiasi città. D'ora in poi, una traduzione diretta del nome Kota Kinabalu in inglese sarebbe "City of Kinabalu" o "Kinabalu City".
Nomi originali
Oltre a Jesselton, c'è stata una serie di altre affermazioni sul nome originale di Kota Kinabalu. Il più popolare, come menzionato sopra, è Api-Api, o a volte semplicemente Api, che è una parola malese che significa 'Fuoco'. Sembra che sia stato chiamato così dai locali, principalmente Bajau, per indicare l'incendio dell'ufficio amministrativo britannico a Pulau Gaya istigato da Mat Salleh, così come altri incidenti di incendio normalmente perpetrati dai pirati. Ci sono state affermazioni, tuttavia, che in realtà ha preso il nome da un fiume vicino chiamato Sungai Api-Api. Un'altra teoria afferma che "Api-Api" è il nome locale del comune albero Avicennia che cresce in abbondanza intorno alla zona. Traslitterato nel nome formale cinese di Ya Bi (亚庇 yà bì), anche gli Hakka qui adottarono questo nome (亚庇, "ah-bi" che si pronuncia in Hakka, dialetti cinesi) e alcuni usano ancora oggi questo nome. Oltre ad Api-Api, un altro nome storico suggerito era Deasoka, che significa approssimativamente "sotto l'albero di cocco" nella lingua Bajau. I locali Bajau presumibilmente usavano questo nome per riferirsi ad un villaggio nella parte meridionale della città che era pieno di alberi di cocco. Un altro nome era Singgah Mata che letteralmente significa "occhio di transito", ma può essere liberamente tradotto come "piacevole per gli occhi". Si tratta di un nome dato presumibilmente dai pescatori di Pulau Gaya riferendosi alla striscia di terra di quello che oggi è il centro di Kota Kinabalu. Oggi, tutti questi nomi sono stati immortalati in nomi di strade o edifici intorno alla città. Alcuni esempi sono: Lintasan Deasoka, Api-Api Centre, Jalan Singgah Mata e Jesselton Point.