Botanica
Stopes ha pubblicato circa 100 articoli e libri sulla botanica, soprattutto sulle piante fossili. Era esperta di felci fossili, cicadi e gimnosperme.
Ha tenuto una cattedra di paleobotanica all'Università di Manchester dal 1904 al 1907; è stata la prima donna accademica di quell'università. p12 Nel 1910, all'età di 30 anni, è diventata Fellow dello University College di Londra. Aveva raggiunto la cima dell'albero. Non solo era una paleobotanica, ma era un'esperta della botanica delle misure di carbone che erano state depositate nel Pennsylvanian (Carbonifero superiore). Il carbone era la fonte di energia più vitale a quel tempo.
Stopes continuò a pubblicare sulla botanica fino al 1935, ma dal 1912 circa i suoi interessi cominciarono a cambiare a causa di problemi nella sua vita privata.
Controllo delle nascite e salute femminile
Dopo un matrimonio disastroso, Stopes si rese conto dell'ignoranza di molte persone riguardo al sesso e dei problemi che le donne avevano nel matrimonio. I suoi obiettivi erano: migliorare la felicità attraverso una migliore conoscenza, e la protezione della salute femminile controllando le gravidanze che si verificavano naturalmente nel matrimonio.
Il primo libro di Stopes sulla pianificazione familiare, Married Love: a new contribution to the solution of the sex difficulties, 1918, ha avuto 28 edizioni e oltre 150 ristampe. Fu tradotto in 14 lingue e in braille. La versione in lingua inglese vendette più di un milione di copie e la rese ricca.
Gli effetti sociali del libro furono tremendi. Nessuno può dire perché avvengono i cambiamenti sociali, ma gli atteggiamenti verso il sesso e il matrimonio sono certamente cambiati durante la sua vita. Tra la prima edizione del suo libro e l'ultima, le donne dell'Europa e dell'America del Nord passarono da quasi nessun controllo delle nascite alla maggior parte di esse. Questo nonostante l'opposizione della Chiesa Cattolica e di altre forze.
Inoltre, c'è stato un continuo miglioramento nella conoscenza del sesso e nell'attenzione medica ai bisogni femminili in relazione alla nascita. La disponibilità di conoscenze su tutti gli argomenti relativi alla vita personale ha continuato a migliorare.
Più tardi nel 1918 Stopes pubblicò un secondo libro, Wise Parenthood: a sequel. Questo arrivò a 25 edizioni e molte ristampe. Nel 1919 arrivò Una lettera alle madri lavoratrici su come avere bambini sani ed evitare gravidanze che indeboliscono. Il flusso di libri e opuscoli continuò fino alla fine della sua vita.
La clinica Marie Stopes
Stopes aprì la prima clinica di pianificazione familiare del Regno Unito al 61 di Marlborough Road, Holloway, North London, il 17 marzo 1921. Nel 1925 la Mothers' Clinic si trasferì nel centro di Londra, dove rimane tuttora.
L'organizzazione madre delle cliniche Marie Stopes in tutto il mondo si chiama ora Marie Stopes International. È particolarmente forte in Bangladesh e Pakistan.