Pithovirus: virus gigante del permafrost, scoperta e caratteristiche
Pithovirus: virus gigante del permafrost — scoperta in Siberia, struttura, genoma e implicazioni della sopravvivenza millenaria e dei rischi biologici.
Pithovirus è un genere di virus gigante che infetta le amebe. È un virus a doppio filamento di DNA, ed è un membro del clade dei grandi virus del DNA. È stato descritto per la prima volta nel 2014 dopo che un esemplare vitale è stato trovato in una carota di ghiaccio di 30.000 anni raccolta dal permafrost in Siberia, Russia.
Ha il 50% di dimensioni in più rispetto ai precedenti più grandi virus conosciuti, ma Pandoravirus ha il più grande genoma virale, contenente da 1,9 a 2,5 megabasi di DNA. Il Pithovirus ha una parete spessa e ovale con un'apertura ad un'estremità. Internamente, la sua struttura assomiglia a un nido d'ape.
Scoperta e significato
La scoperta del virus risale al 2014, quando un gruppo di ricercatori è riuscito a isolare e risvegliare un esemplare ancora infettivo da un campione di permafrost antico circa 30.000 anni. Questo ritrovamento ha attirato grande attenzione perché ha dimostrato che virus estremamente grandi e complessi possono rimanere vitali per lunghi periodi in condizioni di congelamento. Il nome Pithovirus deriva probabilmente dal termine greco "pithos", che indica grandi anfore, richiamando le dimensioni eccezionali del virione.
Morfologia e genoma
Morfologia: i virioni di Pithovirus sono ovali e relativamente voluminosi rispetto alla maggior parte degli altri virus. Presentano una parete spessa e una struttura interna a nido d'ape; a un'estremità è visibile un'ampia apertura che sembra giocare un ruolo nell'ingresso o nell'uscita del materiale virale.
Genoma: sebbene il virione sia molto grande dal punto di vista strutturale, il genoma di Pithovirus è più piccolo rispetto a quello dei Pandoravirus. Il genoma comprende alcune centinaia di kilobasi e codifica per un numero consistente di geni, molti dei quali non hanno omologhi riconosciuti nei database (i cosiddetti ORFans). Questa combinazione di grande complessità strutturale e genoma relativamente compatto è interessante per gli studi sull'evoluzione dei virus giganti e sulle interazioni con gli ospiti.
Ciclo di replicazione e ospiti
Ospite principale: come molti altri virus giganti isolati finora, Pithovirus infetta amebe (ad esempio del genere Acanthamoeba), organismi unicellulari comunemente presenti in ambienti acquatici o nel suolo.
Ciclo replicativo: i virus giganti tipicamente penetrano nell'ameba e instaurano un sito di replicazione citoplasmatico, spesso chiamato "fabbrica virale", dove vengono sintetizzati i nuovi genomi e i componenti del capside. Anche per Pithovirus sono stati osservati processi replicativi non convenzionali rispetto ai virus più piccoli, con molte proteine virali coinvolte nella trascrizione e nell'assemblaggio che non dipendono dal nucleo cellulare dell'ospite.
Implicazioni ecologiche, evolutive e di sicurezza
- Ecologia e clima: il ritrovamento di virus vitali nel permafrost solleva domande su cosa potrebbe essere rilasciato con lo scioglimento dei ghiacci dovuto al riscaldamento globale. La presenza di materiale biologico antico nel suolo potrebbe riintroduire microrganismi e virus precedentemente congelati.
- Evoluzione dei virus: i virus giganti come Pithovirus ampliano la nostra comprensione della diversità virale e dei meccanismi evolutivi. La presenza di numerosi geni nuovi suggerisce scambi genetici complessi tra virus e ospiti e percorsi evolutivi ancora poco noti.
- Sicurezza e salute pubblica: al momento non ci sono evidenze che Pithovirus possa infettare esseri umani o animali complessi; conosciamo la sua capacità di infettare amebe. Tuttavia, il recupero e lo studio di microrganismi antichi richiedono procedure di laboratorio controllate e misure precauzionali appropriate per evitare rischi imprevedibili. I ricercatori raccomandano che tali esperimenti vengano condotti in strutture con idonei protocolli di biosicurezza e con valutazioni del rischio.
Ruolo nella ricerca
Modello per lo studio: Pithovirus e altri giganti virali sono diventati modelli importanti per studiare la complessità virale, i rapporti ospite-parassita e l'origine dei geni unici. Le tecniche moderne di sequenziamento e microscopia elettronica hanno permesso di descrivere caratteristiche strutturali e geniche prima inimmaginabili per i virus.
In sintesi, Pithovirus rappresenta un esempio significativo di quanto sia ampia e poco esplorata la diversità virale sulla Terra. La sua scoperta nel permafrost ha stimolato ricerche interdisciplinari che coinvolgono virologia, microbiologia ambientale, paleobiologia e studi sul cambiamento climatico.
Il suo genoma
Il genoma del Pithovirus ha 467 geni diversi, più di un virus tipico ma molto meno del Pandoravirus. Il suo genoma è molto meno denso di qualsiasi altro virus conosciuto. Due terzi delle sue proteine sono diverse da quelle di altri virus. Nonostante la somiglianza fisica con il Pandoravirus, la sequenza del genoma del Pithovirus mostra che è a malapena legato a quel virus. Assomiglia di più ai membri di alcune altre famiglie di virus. Queste famiglie contengono tutte grandi virus icosaedrici con genomi di DNA. Il genoma del Pithovirus ha un contenuto di GC del 36%, simile a quello dei Megaviridae, in contrasto con una percentuale superiore al 61% per i pandoravirus.
Replicazione
Il genoma del Pithovirus è un cromosoma circolare di DNA a doppio filamento (dsDNA) di circa 610.000 coppie di basi (bp). Il genoma codifica tutte le proteine necessarie per produrre mRNA; queste proteine sono presenti nei virioni purificati.
Pithovirus fa il suo intero ciclo di replicazione nel citoplasma del suo ospite, non il metodo più tipico di prendere il controllo del nucleo dell'ospite.
Scoperta
Il Pithovirus sibericum è stato scoperto in un campione di 30.000 anni di permafrost siberiano. Il virus è stato scoperto sepolto 30 m (98 piedi) sotto la superficie di un sedimento del tardo Pleistocene. È stato trovato quando campioni di argini raccolti nel 2000 sono stati esposti alle amebe. Le amebe hanno iniziato a morire e si è scoperto che contenevano virus giganti. Gli autori hanno detto che hanno avuto l'idea di sondare i campioni di permafrost per nuovi virus dopo aver letto di un esperimento che ha fatto rivivere un seme simile invecchiato due anni prima.
Anche se il virus è innocuo per gli esseri umani, la sua vitalità dopo essere stato congelato per millenni ha sollevato la preoccupazione che il cambiamento climatico globale e le operazioni di perforazione della tundra potrebbero portare alla scoperta di virus potenzialmente pericolosi. Altri scienziati negano che questo rappresenti una minaccia reale.
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