Pterodactyloidea è il sottordine degli pterosauri a coda corta. Il loro record fossile inizia nel Giurassico medio. Si estinsero nell'evento di estinzione K/T alla fine del periodo Cretaceo. Pterodactylus, Pteranodon e Quetzalcoatlus sono in questo sottordine.
Nel 2014 i resti del più antico pterodattiloide sono stati trovati in Cina. Si chiama Kryptodrakon. La sua età minima era 162,7 milioni di anni fa (mya). Questo è circa cinque milioni di anni più vecchio di qualsiasi esemplare precedentemente conosciuto e confermato.
Un lavoro recente mostra che il gruppo aveva più varietà alla fine del Cretaceo di quanto si pensasse prima. Nei primi anni 2010, sono stati scoperti diversi nuovi taxa di pterosauri che risalgono al tardo Cretaceo. Questi ritrovamenti includono alcune specie di pterosauri di piccole dimensioni.
Alla fine del periodo Cretaceo, l'evento di estinzione Cretaceo-Paleogene, che rese estinti tutti i dinosauri non aviari e la maggior parte dei dinosauri aviari, così come molti altri animali. Gli pterosauri sembrano essersi estinti in questo evento.
