Le abitudini alimentari del Quetzalcoatlus (che aveva un lungo becco senza denti) sono sconosciute. Questa domanda, e il suo volo, sono ancora in discussione. La mancanza di uno scheletro più dettagliato è il problema principale nel raggiungere conclusioni. Sono state proposte due teorie.
Un'idea è che mangiasse i pesci, volando con la mascella nell'acqua e catturando i pesci quando li colpiva. Il Texas era in gran parte coperto dal mare interno occidentale all'epoca. "Di questi stili di vita proposti, la piscivoria in volo [mangiare pesce] sembra aver guadagnato la maggior accettazione, con lo skim-feeding che è un metodo di foraggiamento frequentemente suggerito.
L'altra teoria è che si è nutrito sulla terraferma, in parte come un alimentatore di carogne, come avvoltoi e poiane, e foraggiato per piccoli animali. Questo punto di vista sta guadagnando terreno, perché la mascella non mostra gli adattamenti per la scrematura trovato in uccelli moderni che catturano il pesce in questo modo.
In volo, era certamente un "soarer", volando su correnti d'aria ascendenti in un ambiente caldo, e i suoi resti provengono da un sito che si trovava molto all'interno del Cretaceo.