L'Yonne fa parte della regione Bourgogne-Franche-Comté. Ha una superficie di 7.427,4 km2 (2.868 sq mi). Il punto più alto del dipartimento è il Bois de la Pérouse (47°18′57″N 4°1′8″E / 47.31583°N 4.01889°E / 47.31583; 4.01889 (Bois de la Pérouse)), alto 607 m (1.991 ft).
Il dipartimento confina con cinque dipartimenti in quattro regioni:
La parte settentrionale del dipartimento è formata da pianure che fanno parte della grande pianura di Parigi. Le montagne del Morvan e le colline dell'Auxerrois (la regione intorno alla città di Auxerre) sono nella metà meridionale del dipartimento.
Il fiume principale del dipartimento è l'Yonne, un affluente della Senna che scorre attraverso il dipartimento da sud a nord. Altri fiumi che attraversano il dipartimento sono i fiumi Armançon, Loing, Ouanne e Serein.
Clima
Il tipo di classificazione climatica Köppen per il clima di Auxerre è un "clima oceanico" (noto anche come clima temperato marittimo) e del sottotipo "Cfb".
La temperatura media annuale ad Auxerre è di 11.5 °C (52.7 °F). Il mese più caldo, in media, è luglio con una temperatura media di 20.2 °C (68.4 °F). Il mese più fresco, in media, è gennaio, con una temperatura media di 3,6 °C (38,5 °F).
La quantità media di precipitazioni per l'anno ad Auxerre è di 957.6 mm (37.70 in). Il mese con più precipitazioni in media è dicembre con 106.7 mm (4.20 in) di precipitazioni. Il mese con meno precipitazioni in media è aprile con una media di 63,5 mm.