La regione Bourgogne-Franche-Comté è la sesta regione più grande della Francia con una superficie di 47.783,3 km2 (18.449 sq mi). Si trova nel nord-est della Francia e confina a nord con la regione del Grand Est, a ovest con le regioni Île-de-France e Centre-Val de Loire, a sud con la regione Auvergne-Rhône-Alpes e a est con la Svizzera (i cantoni di Vaud, Neuchâtel e Jura).
Le distanze da Besançon, la capitale della regione, alle altre città sono:
- Parigi, la capitale nazionale, 410 km (255 mi);
- Bordeaux, 729 km (453 mi);
- Tolosa, 762 km (473 miglia);
- Marsiglia, 538 km (334 miglia);
- Lione, 227 km (141 mi);
- Montpellier, 523 km (325 mi);
- Nizza, 694 km (431 mi).
Fiumi
I principali fiumi della regione sono la Saona e il suo affluente il Doubs. Il fiume Loira scorre nel sud-ovest della regione, a Nevers. La Senna inizia nel dipartimento della Côte-d'Or.
Montagne
Ci sono tre catene montuose principali nella regione:
- Le montagne dei Vosgi sono nel nord-est della regione e il suo punto più alto in Bourgogne-Franche-Comté è il Ballon de Servance, alto 1.216 m (3.990 piedi).
- Le montagne del Giura si trovano lungo i limiti orientali; qui si trova il Crêt Pela, il punto più alto della Bourgogne-Franche-Comté con 1.495 m (4.905 piedi).
- Le montagne del Morvan sono al centro della parte occidentale; il punto più alto è Haut-Folin, alto 901 m.
Il Crêt Pela (46°24′50″N 6°1′19″E / 46.41389°N 6.02194°E / 46.41389; 6.02194 (Crêt Pela)), a 1.495 m (4.905 ft), è la montagna più alta della regione Bourgogne-Franche-Comté. Si trova nella catena montuosa del Giura.
I punti più alti dei diversi dipartimenti della regione Bourgogne-Franche-Comté sono:
| Dipartimento | Montagna | Elevazione |
| Côte-d'Or | Mont de Gien | 721 m (2.365 piedi) |
| Doubs | Mont d'Or | 1.461 m (4.793 ft) |
| Jura | Crêt Pela | 1.495 m (4.905 ft) |
| Nièvre | Mont Préneley | 855 m (2.805 piedi) |
| Haute-Saône | Pallone di servizio | 1.216 m (3.990 piedi) |
| Saône-et-Loire | Haut-Folin | 901 m (2.956 piedi) |
| Yonne | Bois de la Pérouse | 607 m (1.991 piedi) |
| Territorio di Belfort | Ballon d'Alsace | 1.247 m (4.091 piedi) |