L'Università del Kansas ha iniziato un programma di basket maschile nel 1898, dopo l'arrivo di Naismith. Questo fu solo sei anni dopo che Naismith aveva inventato il gioco. Naismith fu impiegato come direttore di cappella e istruttore di educazione fisica. In questi primi tempi, la maggior parte delle partite di pallacanestro si giocava contro le vicine squadre dell'YMCA. Le YMCA di tutta la nazione hanno avuto un ruolo molto importante nella nascita del basket. Altri avversari comuni erano la Haskell Indian Nations University e il William Jewell College. Con Naismith come allenatore, la squadra ha giocato solo tre attuali Big 12 scuole: Nebraska (sei volte), Missouri (due volte) e Kansas State (una volta). Naismith è stato, ironia della sorte, l'unico allenatore nella storia del programma ad avere un record di sconfitte (55-60). Tuttavia, Naismith allenò Forrest "Phog" Allen, che prese il posto di allenatore in Kansas. Allen è stato anche aggiunto alla Basketball Hall of Fame. Quando Allen divenne allenatore lui stesso e gli disse che avrebbe allenato il basket alla Baker University nel 1904, Naismith gli disse: "Non si può allenare la pallacanestro, si gioca e basta". Allen iniziò una carriera di allenatore che lo avrebbe portato ad essere conosciuto come "il padre dell'allenatore di pallacanestro". Durante il suo periodo in Kansas, Allen allenò Dean Smith (squadra del campionato nazionale del 1952) e Adolph Rupp (squadra del campionato nazionale della Helms Foundation del 1922). Quando Dean Smith si ritirò come capo allenatore di pallacanestro nel North Carolina, ebbe il maggior numero di vittorie nella storia del basket universitario, il secondo fu Adolph Rupp (Kentucky) e il terzo fu Allen. I tre allenatori si sono uniti a Naismith come membri della Basketball Hall of Fame.
All'inizio del secolo, c'erano abbastanza squadre di college nella parte orientale degli Stati Uniti per poter giocare le prime partite tra i diversi college. Sebbene il suo sport sia cresciuto continuamente, Naismith ha a lungo considerato il suo gioco come una curiosità e ha preferito la ginnastica e il wrestling come forme migliori di educazione fisica. Tuttavia, il basket divenne uno sport dimostrativo ai Giochi del 1904 a St. Louis, negli Stati Uniti. Come riporta la Basketball Hall of Fame, Naismith non era interessato all'autopromozione né alla gloria dello sport agonistico. Al contrario, era più interessato alla sua carriera di educazione fisica, ricevendo un Master PE ad honorem nel 1910, pattugliando il confine messicano per quattro mesi nel 1916 durante la Prima Guerra Mondiale, viaggiando in Francia, pubblicando due libri ("A Modern College" nel 1911 e "Essence of a Healthy Life" nel 1918) e diventando cittadino americano nel 1925.
Nel 1935, l'Associazione nazionale degli allenatori di pallacanestro (creata dall'allievo di Naismith, Phog Allen) raccolse denaro affinché il 74enne Naismith potesse assistere all'introduzione del basket nel programma sportivo olimpico ufficiale dei Giochi Olimpici estivi del 1936. Lì Naismith distribuì le medaglie a tre squadre nordamericane: gli Stati Uniti, per la medaglia d'oro, il Canada, per la medaglia d'argento, e il Messico, per la medaglia di bronzo. Durante le Olimpiadi fu nominato Presidente Onorario della Federazione Internazionale di Pallacanestro. Al suo ritorno Naismith ha commentato che vedere la partita giocata da molte nazioni è stato il più grande compenso che potesse ricevere per la sua invenzione. Nel 1937 Naismith ebbe un ruolo nella formazione dell'Associazione nazionale di pallacanestro dell'Intercollegiate Basket, che in seguito divenne l'Associazione nazionale di atletica leggera dell'Intercollegiate (NAIA).
Negli ultimi anni, Naismith divenne professore emerito in Kansas e si ritirò nel 1937 all'età di 76 anni. Compresi gli anni come allenatore, Naismith ha lavorato come direttore atletico e docente della scuola per un totale di quasi 40 anni. Naismith morì nel 1939 dopo aver subito un'emorragia cerebrale mortale e fu sepolto a Lawrence, Kansas. Postumo, il suo capolavoro "Basket - le sue origini e il suo sviluppo" fu pubblicato nel 1941. A Lawrence, Kansas, James Naismith ha una strada chiamata in suo onore, Naismith Drive, che corre di fronte alla Allen Fieldhouse (l'indirizzo ufficiale della Allen Fieldhouse è 1700 Naismith Drive), l'arena di basket dell'Università del Kansas. Si tratta di una strada separata a quattro corsie che si snoda a nord e a sud di University Drive fino alla fine della 24esima strada, appena a sud del campus della KU. L'università ha anche nominato il campo di Allen Fieldhouse, James Naismith Court in suo onore. Naismith Hall, un dormitorio residenziale dell'università, si trova al margine nord-orientale della 19a strada e di Naismith Drive.