Durante la vita di Jeanne, la religione in Francia era un campo di battaglia tra la chiesa cattolica e il calvinismo protestante degli ugonotti.
Nella religione Giovanna fu influenzata da sua madre, verso la riforma religiosa, il pensiero umanista e la libertà individuale. Giovanna si convertì al calvinismo il giorno di Natale del 1560. Questa conversione la rese la più alta protestante di Francia.
In seguito all'imposizione del calvinismo nel suo regno, i preti e le suore furono banditi, le chiese cattoliche distrutte e i riti cattolici proibiti. Commissionò la traduzione del Nuovo Testamento in basco e in béarnese a beneficio dei suoi sudditi.
Era descritta come "piccola di statura, fragile ma eretta". Era molto intelligente, ma austera e moralista. Agrippa d' Aubigné, il cronista ugonotto, descrisse Giovanna come avente "una mente abbastanza potente da guidare i più alti affari".
Oltre alle sue riforme religiose, Giovanna lavorò alla riorganizzazione del suo regno, apportando riforme durature ai sistemi economici e giudiziari dei suoi domini.
Jeanne morì a Parigi per una febbre (probabilmente una malattia infettiva) all'età di 44 anni.
