Un aplotipo è un termine in genetica. È l'abbreviazione di genotipo aploide. Un aplotipo è un insieme di alleli specifici (particolari sequenze di DNA) in un gruppo di geni strettamente legati su un cromosoma. Un cluster è solitamente ereditato insieme. In parole povere, l'aplotipo è un gruppo di geni strettamente legato che un bambino eredita da un genitore.
Un secondo significato del termine aplotipo è un insieme di polimorfismi a singolo nucleotide (SNPs) che di solito si trovano insieme su un singolo cromatide (di una coppia di cromosomi). Quindi, trovare alcuni alleli di una sequenza di aplotipi identifica tutti gli altri siti nella sua regione. Tali informazioni sono molto preziose per indagare la genetica delle malattie comuni.
Il confronto degli aplotipi di due o più persone mostra il grado di relazione genetica tra le loro rispettive linee. Si fa nei progetti di genealogia genetica.