Happy Feet è ambientato in una colonia di pinguini imperatore, dove ogni pinguino deve cantare una canzone chiamata "Heartsong" per trovare un compagno. Due pinguini, Norma Jean e Memphis, sono attratti l'uno dall'altro dalle loro canzoni, e creano una famiglia. Mentre Norma Jean sta pescando nell'oceano, Memphis rimane con l'uovo e lo fa cadere accidentalmente sul ghiaccio, esponendolo alle fredde temperature dell'Antartide. Il giovane pinguino che esce dall'uovo ha una voce terribile e più tardi scopre di non avere il "canto del cuore". Tuttavia, ha un talento per il tip tap.
Mentre la madre di Mumble, Norma Jean, pensa che questa piccola abitudine sia carina, suo padre, Memphis, dice che "semplicemente non è pinguino". Inoltre, entrambi sanno che, senza un "Heartsong", Mumble potrebbe non trovare mai il vero amore. Il destino vuole che la sua unica amica, Gloria, sia la migliore cantante in circolazione. Mumble e Gloria hanno una connessione dal momento in cui si schiudono, ma lei lotta con i suoi strani modi "hippity-hoppity". Mumble è semplicemente troppo diverso; specialmente per Noah il Vecchio, il severo leader della colonia, che alla fine lo scaccia dalla comunità.
Lontano da casa per la prima volta, Mumble incontra un gruppo di pinguini diversi: gli Adelie Amigos. Guidati da Ramón, gli Adelies accettano immediatamente le abilità di Mumble nel ballo del tip tap e lo invitano a festeggiare con loro. Nella casa delle Adelie, Mumble cerca il consiglio di Lovelace il Guru, un pinguino Rockhopper che afferma che risponderà a tutte le domande della vita al prezzo di un sasso. Nella loro conversazione, Lovelace menziona gli "alieni", che interessano Mumble quando trova un veicolo congelato in un ghiacciaio. Decide di trovare gli "alieni".
Tornando a casa, Mumble e i suoi amici trovano Gloria al centro dell'attenzione perché il suo "Heartsong" è molto attraente per gli altri pinguini. Tuttavia, lei non è interessata agli "Heartsongs" degli altri maschi, ma è eccitata quando Mumble la convince a cantare a tempo con il suo ritmo di tip tap. Gli altri pinguini si interessano e cominciano a ballare. Tuttavia, Noah il Vecchio ritiene che la recente mancanza di pesce, il cibo principale dei pinguini, sia una punizione inviata dal loro dio per punirli per aver permesso la danza di Mumble. Esilia quindi Mumble dalla colonia, ma prima di partire, Mumbles dice loro che troverà la vera causa della carestia.
Con Lovelace e gli Amigos, Mumble percorre molte miglia e attraversa molti ostacoli, tra cui un attacco di orche. Infine, vedono una grande quantità di pescherecci commerciali, navi che stanno pescando nelle acque antartiche, e Mumble li segue. Alla fine, viene catturato e messo in mostra in un parco marino. Tenta di comunicare con gli "alieni" (umani) che lo circondano, ma non ci riesce. Dopo aver sfiorato la pazzia per la reclusione, un bambino picchietta sul vetro del suo recinto. Mumble è eccitato e comincia a ballare il tip tap. Dopo che una grande folla si riunisce per guardarlo, viene rilasciato di nuovo allo stato selvaggio con un dispositivo di tracciamento e conduce gli umani alla sua colonia.
Più tardi, un team di ricerca arriva per studiare i pinguini, e gli umani scoprono che stanno pescando troppo l'oceano, il che ha portato alla mancanza di pesce. La pesca nell'Antartico è vietata, e la popolazione di pesci ritorna e prospera. Alla fine, gli Imperatori e gli Amigos vengono mostrati mentre ballano e festeggiano.
