Filosofia naturale
In Occidente, la metafisica viene solitamente fatta risalire ai filosofi naturali dell'antica Grecia, dove Aristotele sistematizzò una descrizione metafisica della natura equivalente all'attuale scienza teorica.
Nel IV secolo d.C. ad Alessandria d'Egitto, l'alchimia stava iniziando la sua trasformazione in chimica. L'opinione convenzionale è che l'alchimia fosse intrisa di misticismo, e che la chimica non sia diventata ciò che chiameremmo scienza fino all'entrata nel XIX secolo.
Scienza
All'inizio del XVII secolo, Galileo introdusse nella fisica i suoi esperimenti con gli oggetti terrestri: l'alba della scienza empirica in Europa occidentale. Le leggi galileiane del moto portarono al rovesciamento delle idee di Aristotele, una rivoluzione più o meno completata dall'ampia accettazione della fisica cartesiana, costruita sulla meccanica copernicana e galileiana.
La fisica newtoniana sostituì rapidamente la fisica cartesiana. Isaac Newton, come altri che oggi chiamiamo scienziati, era conosciuto come un filosofo naturale. Negli anni 1830, Auguste Comte creò il positivismo, la prima filosofia moderna della scienza. Cercava il divorzio della scienza dalla religione e dalla metafisica.
Nel 1847, l'articolo di Hermann von Helmholtz "Sulla conservazione dell'energia", afferma la prima legge della termodinamica e cerca di ridurre la fisiologia alla fisica. Nel 1859, Darwin propose una spiegazione dell'evoluzione per selezione naturale. Entrambi sembravano plausibili e compatibili con la teoria fisica.
Uso comune
Negli anni 1860, il termine scienza (come qualcosa di distinto dalla filosofia) entrò nel dizionario. Oggi il termine metafisica si riferisce di solito alla discussione degli aspetti della realtà che sono al di là della fisica. In particolare tra coloro che cercano di essere scientifici, il termine metafisica può essere peggiorativo in vari gradi. Tuttavia, i filosofi della scienza riconoscono che la scienza è impossibile senza metafisica. Come minimo, prima di iniziare l'indagine empirica, si ha bisogno di un'ontologia. Questo perché sono necessarie categorie per ordinare le osservazioni.
