Il commercio tra gli abitanti dell'area di Mogadiscio con altre aree lungo la costa del mare somalo in Africa iniziò già nel 1° secolo. I commercianti musulmani della penisola araba arrivarono nella zona durante il 10° secolo. A causa del commercio con loro, l'Islam si diffuse in Somalia. I portoghesi cercarono di prendere il controllo della città, ma fallirono. Nel 1871 Barghash bin Said, il sultano di Zanzibar, controllò la città.
Nel 1892, Ali bin Said lasciò che l'Italia usasse la città. L'Italia comprò la città nel 1905. Fecero di Mogadiscio la capitale del Somaliland italiano. Gli italiani presero il controllo della zona intorno alla città nel 1919 dopo una piccola resistenza. Mogadiscio italiana da un piccolo villaggio di 1.000 abitanti negli anni 1890 a una capitale moderna nel 1940 di quasi 100.000 persone (di cui più di 1/3 erano italiani), che era seconda solo ad Asmara in Eritrea per sviluppo all'interno dell'Impero italiano.
Le forze britanniche che erano in Kenya durante la seconda guerra mondiale catturarono Mogadiscio il 26 febbraio 1941. I britannici governarono fino a quando diedero all'Italia il controllo della città di nuovo nel 1952. La Somalia divenne indipendente nel 1960 con Mogadiscio come capitale.
Le forze ribelli entrarono e presero la città nel 1990. Hanno costretto il presidente Mohamed Siad Barre a dimettersi e a lasciare il paese nel gennaio 1991. Andò a Lagos, in Nigeria. Alcuni ribelli dissero che Ali Mahdi Muhammad era il nuovo presidente. Altri dissero che Mohamed Farrah Aidid era il presidente. Un gruppo di marines degli Stati Uniti sbarcò vicino a Mogadiscio il 9 dicembre 1992. Erano la prima parte delle forze di pace delle Nazioni Unite durante l'operazione Restore Hope ad andare nel paese.