Nei sistemi metropolitani di altre città, una "linea" di treno è la stessa cosa di un "percorso" di treno. Nel sistema della metropolitana di New York City, tuttavia, la "linea" è il binario vero e proprio, che un treno "percorso" utilizza. Le "rotte", chiamate anche "servizi", hanno una lettera o un numero, come "1" o "A". Le "linee" hanno dei nomi, come "Broadway Line".
Ci sono 24 servizi ferroviari. Questo include 3 brevi percorsi "navetta". Ogni percorso ha un colore. R. Raleigh D'Adamo, un avvocato che partecipò ad un concorso nel 1964, progettò i colori che sono usati sulle mappe della metropolitana ora. Prima, le mappe della metropolitana usavano colori diversi per ogni percorso. Le persone che vivono a New York City non chiamano le linee e i servizi per colore (ad esempio, Blue Line o Green Line). Tuttavia, i turisti spesso usano i colori per distinguere le varie linee.
Ci sono tre diversi tipi di servizi di metropolitana. I treni "locali" fanno tutte le fermate nelle stazioni "locali" e nelle stazioni "espresse". I treni "Express" saltano alcune stazioni, ma si fermano nelle stazioni "express". C'è un servizio "skip-stop", il J/Z, dove due linee ferroviarie corrono sulla stessa linea; ogni linea si ferma solo in ogni altra stazione lungo la linea.
Il sistema della metropolitana funziona 24 ore al giorno e 7 giorni alla settimana, ma alcune linee non funzionano quando non ci sono molte persone che prendono la metropolitana. Quando una linea è chiusa, l'autorità di transito utilizza bus navetta gratuiti. L'autorità di transito mostra i cambiamenti di servizio pianificati sul suo sito web, sui muri delle stazioni, all'interno dei vagoni della metropolitana e attraverso la sua pagina Twitter.
Linee di tronco
| Linea Trunk primaria | Colore | Pantone | Proiettili di servizio |
| Linea IND dell'Ottava Avenue | Blu vivido | PMS 286 |    |
| Linea IND Sixth Avenue | Arancione brillante | PMS 165 |     |
| Linea IND Crosstown | Verde lime | PMS 376 |  |
| Linea BMT Canarsie | Grigio ardesia chiaro | 50% nero |  |
| Linea BMT Nassau Street | Marrone terracotta | PMS 154 |   |
| BMT Linea Broadway | Giallo girasole | PMS 116 |     |
| Linea IRT Broadway - Settima Avenue | Rosso pomodoro | PMS 185 |    |
| Linea IRT Lexington Avenue | Verde mela | PMS 355 |     |
| Linea di lavaggio IRT | Lampone | Viola PMS |   |
| Navette | Grigio ardesia scuro | 70% nero |  |
Percorsi
Ci sono molti percorsi nella metropolitana. Molte persone che non hanno mai viaggiato in metropolitana si confondono perché ci sono tanti percorsi che vanno in tanti posti diversi. La metropolitana ha dei cartelli che pendono dai soffitti delle stazioni per mostrare i percorsi e dove vanno.
| Le linee della "A Division", che era la Interborough Rapid Transit Company, sono: | Percorso | Nome | |  | Broadway-Seventh Avenue Locale | |  | Broadway-Seventh Avenue Express | |  | Broadway-Seventh Avenue Express | |  | Lexington Avenue Express | |  | Lexington Avenue Express | |   | Locale di Lexington Avenue | |   | Flushing Locale/Espresso | |  | Navetta della 42esima strada | | Le linee della "Divisione B", che apparteneva alla Brooklyn-Manhattan Transit Corporation e all'Independent Subway System, sono: | Percorso | Nome | Percorso | Nome | |  | Espresso dell'ottava strada |  | Canarsie locale | |  | Espresso della sesta strada |  | Locale della sesta strada | |  | Locale dell'ottava strada |  | Broadway Express | |  | Espresso della sesta strada |  | Broadway Express | |  | Locale dell'ottava strada |  | Broadway Locale | |  | Locale della sesta strada |  | Navetta Franklin Avenue | |  | Crosstown Local |  | Navetta di Rockaway Park | |   | Nassau Street Locale/Espresso |  | Broadway Locale | |