Il 5 giugno 1964, Khomeini fu arrestato e mandato in esilio. Fu esiliato in Iraq, Turchia e poi in Francia. Khomeini tenne molti discorsi in Francia contro Mohammad Reza Pahlavi, l'ultimo scià dell'Iran. Il 16 gennaio 1979, Pahlavi lasciò l'Iran. Due settimane dopo, il 1° febbraio, Khomeini tornò in Iran.
Ha ricevuto un'educazione religiosa tradizionale a Qom (città dell'Iran). Quando visse a Najaf (una città santa in Iraq) per alcuni anni, parlò delle idee dell'Islam sul governo. Durante questo periodo, affinò la sua teoria del velayat-e faqih ("governo del giurista").
L'11 febbraio 1979, Khomeini nominò il suo primo primo ministro, Medhi Bazargan. Il 30 marzo 1979 ebbe luogo un referendum in Iran e come risultato, la monarchia fu sostituita da una Repubblica Islamica. Dopo la Rivoluzione Islamica, Khomeini divenne Leader Supremo dell'Iran.
Rushdie fatwa
All'inizio del 1989 Khomeini emise una fatwā che invitava i musulmani a uccidere Salman Rushdie e "tutti coloro che erano coinvolti nella pubblicazione" del suo libro chiamato I versi satanici. Rushdie non è mai stato ucciso. Tuttavia il traduttore giapponese del libro è stato accoltellato a morte nel 1991.