La Lady Juliana salpò prima delle altre navi galeotte e non è sempre contata come parte della Seconda Flotta. La nave rifornimento Justinian non salpò con le navi galeotte e arrivò prima di loro. La HMS Guardian partì prima delle navi galeotte ma colpì il ghiaccio dopo aver lasciato il Capo di Buona Speranza, tornò indietro verso l'Africa meridionale e naufragò sulla costa.
Il Surprize, il Neptune e lo Scarborough furono inviati dalla ditta "Camden, Calvert & King". Avevano accettato di trasportare, vestire e nutrire i detenuti per una tassa di 17 £ 7s. 6d a testa Questa tassa è stata pagata se i detenuti sono sbarcati vivi o morti. Questa ditta era stata precedentemente nel business di portare gli schiavi in Nord America. Le uniche persone del governo sulla nave erano l'agente navale, il tenente John Shapcote, e il capitano della guardia; tutto l'altro equipaggio era fornito dalla ditta.
La Seconda Flotta lasciò l'Inghilterra il 19 gennaio 1790, con 1.006 detenuti (928 maschi e 78 femmine). Fecero solo una fermata durante il viaggio, al Capo di Buona Speranza. Qui furono imbarcati 20 detenuti maschi, sopravvissuti al Guardian. Le tre navi fecero un viaggio più veloce della Prima Flotta, arrivando a Port Jackson nell'ultima settimana di giugno 1790. Questo avvenne tre settimane dopo la Lady Juliana, e una settimana dopo la nave di rifornimento Justinian.
Il viaggio fu veloce, ma il tasso di persone che morirono fu il più alto nella storia del trasporto verso l'Australia. Dei 1.026 detenuti che partirono, 267 (256 uomini e 11 donne) morirono durante il viaggio (26%).
Sulla Neptune i detenuti non avevano abbastanza cibo, erano tenuti legati con catene e raramente venivano fatti salire sul ponte. Molti di loro si ammalarono di scorbuto. Sulla Scarborough venivano nutriti, ma un tentativo di ammutinamento segnalato portò a tenere i detenuti rinchiusi sottocoperta.
Il capitano William Hill, capitano della guardia, scrisse in seguito che i capitani delle navi non davano da mangiare ai condannati per poter vendere il cibo in un altro paese. Volevano che i condannati morissero rapidamente per non dover sprecare il cibo per loro e poterlo conservare per venderlo in seguito.