La Seconda Flotta è il nome del secondo gruppo di navi inviate con coloni, detenuti e rifornimenti alla colonia di Sydney Cove a Port Jackson, Australia. C'erano sei navi nella flotta: una scorta della Royal Navy, quattro navi di detenuti e una nave di rifornimento.

Le navi dovevano navigare insieme verso l'Australia e arrivare a Sydney Cove nel 1789. Tuttavia la nave di scorta naufragò durante il viaggio e non arrivò, e una nave di galeotti fu ritardata e arrivò due mesi dopo le altre navi.

A differenza della Prima Flotta, dove furono fatti grandi sforzi per mantenere i detenuti in salute, la Seconda Flotta era gestita da imprese private che tenevano i detenuti in condizioni orribili. Quando arrivarono a Sydney, i detenuti malati erano un salasso per la colonia già in difficoltà.