Atto I
Isotta, una principessa irlandese, e la sua cameriera, Brangaene, sono sulla nave di Tristan e vengono portate nelle terre di Re Marke in Cornovaglia, dove Isotta si sposerà con il Re. L'opera si apre con un giovane marinaio che canta di una "selvaggia cameriera irlandese". Isotta crede di cantare di lei. È furiosa e desidera che il mare si sollevi e affondi la nave, uccidendo tutti a bordo. È particolarmente furiosa con Tristano, il cavaliere che la sta portando dal re. Chiede alla sua cameriera di andare a prendere Tristano, ma lui non viene perché è lui che guida la nave. Il suo scagnozzo, Kurwenal, si rivolge a Brangaene, ricordandole che il precedente fidanzato di Isolde, Morold, era stato ucciso da Tristano e la sua testa rimandata in Irlanda.
Brangaene torna a Isotta per raccontarle ciò che è stato detto. Isotta le racconta tristemente come, dopo la morte di Morold, un uomo di nome Tantris le era stato portato perché gravemente ferito, e che lei lo aveva reso migliore usando i suoi poteri di guarigione. Ma poi scoprì che il suo vero nome era Tristan. Era il peggior nemico dell'Irlanda, ed era l'uomo che aveva ucciso Morold. Isotta aveva cercato di ucciderlo con una spada, ma quando Tristano l'aveva guardato negli occhi il suo cuore si era riempito d'amore e aveva fatto cadere la spada. A Tristano era stato permesso di tornare in Cornovaglia. Tuttavia, sembrava che ora avesse raccontato a suo zio, re Marke, tutto sulla bella Isotta e che fosse venuto a prenderla affinché lo zio potesse sposarla. Brangaene cerca di far capire a Isotta che Tristano sta facendo una cosa onorevole per farla diventare regina d'Irlanda, ma Isotta non vuole ascoltare. Lei è furiosa, e vuole che lui beva una pozione che era stata destinata da sua madre a Re Marco e Isotta come pozione d'amore, ma per Tristano sarebbe la morte.
Kurwenal ora appare e dice che Tristano ha accettato di vedere Isotta. Quando arriva, Isotta gli dice che ora sa che lui era Tantris e che le deve la vita. Tristano accetta di bere la pozione, ora preparata da Brangaene, anche se sa che potrebbe ucciderlo. Mentre beve, Isotta gli strappa il resto della pozione e la beve lei stessa. Entrambi credono di stare per morire e si dichiarano l'uno per l'altra. Kurwenal arriva e dice che sta arrivando Re Marke. Isotta chiede a Brangaene quale pozione ha preparato e le viene detto che non era il veleno della morte, ma una pozione d'amore. Fuori, i marinai accolgono l'arrivo di re Marco.
Atto II
Un gruppo sta cacciando di notte. Il castello di Re Marke è vuoto, tranne che per Isotta e Brangaene che stanno in piedi accanto a una torcia accesa. Isotta continua a pensare che le corna da caccia siano abbastanza lontane per spegnere le fiamme, dando il segnale che Tristano si unirà a lei. Brangaene avverte Isotta che uno dei cavalieri di Re Marco, Melot, ha visto Tristano e Isotta guardarsi amorevolmente. Isotta, però, pensa che Melot sia la migliore amica di Tristano e, desiderosa di vedere Tristano, spegne le fiamme. Brangaene si reca alle mura del castello per tenere d'occhio l'arrivo di Tristano.
Tristano e Isotta possono ora dirsi l'uno all'altra che sono follemente innamorati. Non si accorgono che la notte sta finendo, e Melot porta Marke a trovare i due amanti l'uno tra le braccia dell'altra. Marke è disperatamente triste perché Tristano è stato tradito e anche perché lui stesso era arrivato ad amare Isotta.
Tristano ora chiede a Isotta se lo seguirà di nuovo nella notte, e lei è d'accordo. Melot e Tristano combattono, ma poi Tristano getta la spada di lato e viene gravemente ferito da Melot.
Atto III
Kurwenal ha portato Tristano nel suo castello di Kareol in Bretagna. Un pastore suona una triste melodia sulle sue pipe e chiede se Tristano è sveglio. Kurwenal dice che solo l'arrivo di Isotta può salvare Tristano. Il pastore dice che terrà d'occhio e suonerà una felice melodia per segnare l'arrivo di qualsiasi nave. Tristano ora si sveglia ed è triste che sia giorno. La sua tristezza si trasforma in gioia quando Kurwenal gli dice che Isotta sta arrivando. Chiede se la sua nave è in vista, ma si sente solo la melodia dolorosa del pastore.
Tristan affonda di nuovo. Ricorda che la melodia del pastore è quella che aveva sentito quando suo padre e poi sua madre morirono. Crolla. Il pastore ora canta l'arrivo della nave di Isotta, e mentre Kurwenal si precipita ad incontrarla, Tristano nell'eccitazione strappa le bende alle sue ferite. Mentre Isotta arriva al suo fianco, Tristano muore mentre pronuncia il suo nome.
Isotta crolla accanto a lui mentre viene annunciata la comparsa di un'altra nave. Kurwenal vede arrivare Melot, Marke e Brangaene e attacca furiosamente Melot perché ha ucciso Tristano. Nella lotta sia Melot che Kurwenal vengono uccisi. Marke e Brangaene raggiungono finalmente Tristano e Isotta. Marke è terribilmente triste. Spiega che ha sentito parlare della pozione d'amore di Brangaene ed è venuto perché ha deciso che Tristano e Isotta devono essere uniti. Isotta sembra svegliarsi ma, in un'ultima aria che descrive la sua visione di Tristano risorto (il "Liebestod"), muore di dolore.
