Sahm morì per un infarto del miocardio mentre dormiva in una stanza di motel a Taos, New Mexico, il 18 novembre 1999. È sepolto nel Sunset Memorial Park di San Antonio.
Un album postumo, The Return of Wayne Douglas, è stato pubblicato nel 2000. Il figlio di Sahm, Shawn, guida la sua propria band Tex Mex. Erano sulla copertina di Rolling Stone nel 1968, come padre e figlio. L'altro figlio di Doug Sahm, Shandon Sahm, è il batterista dei Meat Puppets dal 2010.
Sahm è stato nominato nella South Texas Music Walk of Fame. Nel 2008, è stato inserito nell'Austin Music Memorial, nel primo gruppo. Ha anche ricevuto il premio Presidents Award dell'Americana Music Association (AMA) nel 2002.
Nel 2008, Austin, Texas ha approvato la denominazione di Doug Sahm Hill, in un parco vicino al Lady Bird Lake, per onorarlo.
Nell'ottobre 2012, Steve Earle ha suonato un tributo a Sahm all'Hardly Strictly Bluegrass Festival nel Golden Gate Park. Il suo gruppo ha suonato diverse canzoni americane di Sahm.
Un film documentario, Sir Doug & the Genuine Texas Cosmic Groove, è stato presentato in anteprima al festival musicale South by Southwest (SXSW). Questo è stato ad Austin, Texas, il 19 marzo 2015.