Hillary nacque da Percival Augustus Hillary e Gertrude Hillary, nata Clark, a Auckland, Nuova Zelanda, il 20 luglio 1919. La sua famiglia si trasferì a Tuakau (a sud di Auckland) nel 1920, dopo che suo padre (che aveva servito a Gallipoli) aveva ottenuto un terreno lì. I suoi nonni furono i primi coloni nel nord di Wairoa a metà del 19° secolo, dopo essersi trasferiti dallo Yorkshire, in Inghilterra.
Hillary ha imparato alla Tuakau Primary School e poi alla Auckland Grammar School. Finì la scuola primaria con due anni di anticipo, ma non andò molto bene al liceo. All'inizio era più piccolo degli altri studenti e molto timido, quindi si sentiva al sicuro con i suoi libri e spesso pensava a una vita piena di avventure. Ogni giorno andava e tornava dal liceo in treno e spesso usava questo tempo per leggere. Imparare a fare la boxe lo aiutò a diventare più sicuro di sé. All'età di 16 anni il suo interesse per l'arrampicata iniziò durante una gita scolastica sul monte Ruapehu. Sebbene fosse molto alto (195 cm), era più forte di molti dei suoi compagni di escursione. Imparò la matematica e le scienze all'Università di Auckland, e nel 1939 completò la sua prima scalata importante, ovvero raggiungere la cima di una montagna chiamata Mount Ollivier. Con suo fratello Rex, Hillary divenne un apicoltore durante l'estate, cosa che gli permise di fare arrampicate in inverno.
