Miserere mei, Deus è un mottetto scritto per essere cantato da due cori. Un coro è a cinque voci - soprano, contralto, due tenori e basso. Il secondo coro ha due soprani, contralto e baritono. Un coro canta una melodia semplice chiamata fauxbourdon che è basata su un canto semplice. L'altro canta una versione più complicata, con una parte superiore che va fino al Do superiore (la nota due ottave più alta del Do centrale). I cantanti improvvisavano anche alcune parti della musica, componendo elaborate parti ornamentate. Queste improvvisazioni non erano scritte, ma venivano passate di cantante in cantante nel coro.
Allegri scrisse il Miserere da cantare nella Cappella Sistina durante le celebrazioni pasquali. Durante la funzione, che iniziava alle 3.00 del mattino, c'erano 27 candele accese. Il Papa spegneva gradualmente le candele finché ne rimaneva solo una accesa. Il Miserere veniva eseguito mentre il papa pregava sull'altare con una sola candela.
Questo pezzo di musica divenne molto popolare, e il Vaticano non voleva che nessun altro lo eseguisse. A nessuno era permesso portare via la musica dalla cappella o farne delle copie. Il Vaticano chiese la scomunica per chiunque cercasse di farne una copia. Tuttavia nel 1770 c'erano tre copie conosciute della musica. Una di queste fu data all'imperatore Leopoldo I dal papa. Wolfgang Amadeus Mozart visitò la Cappella Sistina durante un tour in Europa con suo padre nel 1770. Aveva solo 14 anni, ma ascoltò l'opera e scrisse tutta la musica a memoria più tardi lo stesso giorno. Una seconda visita gli permise di controllare di averla scritta correttamente. Si crede che la copia di Mozart della musica sia stata inviata in Inghilterra dove fu pubblicata dal dottor Charles Burney. Si presume che Mozart abbia scritto le improvvisazioni nella sua copia. La versione di Burney manca delle improvvisazioni, quindi è possibile che le abbia rimosse e abbia distrutto la copia di Mozart per evitare problemi con la chiesa. Non c'erano leggi sul copyright a quei tempi, quindi il Vaticano non poteva farci nulla.
Si crede che la versione del Miserere mei Deus eseguita oggi, sia molto diversa dall'opera che Allegri compose.
