Il soffitto è la parte più famosa della Cappella Sistina, e molte migliaia di visitatori vanno a vederlo. Nel 1505 papa Giulio II chiese a Michelangelo di dipingere il soffitto. Michelangelo era un famoso scultore. Non voleva diventare un pittore. Tre anni dopo accettò di dipingere il soffitto. Lavorò dal 1508 al 1511, in piedi su un'alta piattaforma con le braccia tese sopra la testa. (Anche se alcune persone pensano che si sdraiasse per dipingere, questo non è vero.) Poiché dipingeva sull'intonaco bagnato, l'odore e il calore erano terribili. Scrisse una poesia su quanto stava male.
Lungo il centro del soffitto sono dipinte nove immagini che raccontano storie dal Libro della Genesi nel Vecchio Testamento della Bibbia. Le storie iniziano con tre immagini di Dio che fa la luce, fa la Terra, il Sole e la Luna, e fa il Mare e il Cielo.
Le prossime tre immagini raccontano la storia del primo uomo e della prima donna, Adamo ed Eva. Nella prima scena, Dio ha appena creato Adamo. Allunga la mano e gli tocca il dito per dargli la Vita.
Nell'immagine successiva, Adamo dorme e Dio crea Eva da una delle costole di Adamo.
Nel terzo quadro ci sono due scene. Adamo ed Eva sono ingannati dal Diavolo a mangiare il frutto dell'albero che era stato detto loro di non toccare. Nell'altra scena, un angelo li caccia fuori dal Giardino dell'Eden di Dio. Questa storia racconta come il peccato è venuto nel mondo.
Le ultime tre immagini riguardano l'Arca di Noè. Raccontano di un mondo triste e peccaminoso. A causa del peccato e della scortesia umana, Dio manda un diluvio. Solo Noè e la sua famiglia scappano nella grande barca che hanno costruito. Quando il diluvio è finito, fanno un altare e uccidono una pecora come sacrificio a Dio. Ma poi Noè coltiva la vite, fa il vino e si ubriaca. Uno dei suoi figli vede Noè nudo e ride di suo padre. Noè si vergogna e maledice suo figlio. Queste storie mostrano come le persone continuano ad agire nel modo sbagliato, anche quando hanno una seconda possibilità.
Tutto intorno al muro, Michelangelo dipinse dodici grandi figure di uomini e donne saggi. Questi erano i profeti e le sibille che dicevano alla gente che Dio avrebbe mandato Gesù Cristo per salvarli dal peccato.
Sul soffitto sono dipinti anche 20 bellissimi giovani chiamati gli ignudi. Nessuno sa con certezza cosa siano, ma forse sono angeli.
Quando il soffitto fu finalmente scoperto, tutti rimasero stupiti. Giorgio Vasari, che scrisse la storia della vita di Michelangelo, dice che centinaia di persone venivano ogni giorno a guardare e fissare.