La zona ha una lunga storia. Un cimitero neolitico con 16 tombe a camera costruite circa 3.800 anni fa è stato trovato vicino al castello nel 1959.
Un teatro romano è stato scoperto durante la costruzione dell'autostrada nel 1964. Fu costruito intorno al 100 d.C. Poteva ospitare un pubblico di circa 4.000 persone. Faceva parte di un piccolo villaggio di 400-600 persone che è esistito per circa 200 anni. Il villaggio era costruito su entrambi i lati della strada per una distanza di circa 400 metri. C'erano negozi, taverne e piccole fabbriche di prodotti in legno e pelle. Dietro questi edifici c'erano case e fattorie. È possibile che ci fosse un piccolo forte nel villaggio. I primi edifici erano in legno, ma questi furono distrutti in un incendio alla fine del primo secolo. I nuovi edifici erano fatti di pietra. Il villaggio fu abbandonato nel III secolo.
Nel V e VI secolo esisteva un villaggio Alamanni. Il più antico uso registrato del nome Lencis (da cui deriva Lenzburg) è dell'893. Nel 1036, il castello di Lenzburg divenne la sede del conte di Lenzburg, allora un signore importante. La famiglia si estinse nel 1173, e il castello fu poi di proprietà dell'imperatore Federico Barbarossa. Dopo questo, fu usato principalmente dalla casa Kyburger. Gli Asburgo presero il castello nel 1273.
I diritti di città furono concessi nel 1306. Lenzburg fu conquistata da Berna nel 1415, insieme alla parte occidentale dell'attuale Argovia. Berna non tolse i suoi diritti di città. Nel 1433, la città di Berna comprò il castello e lo usò per governare la zona dal 1444 al 1798. Un grande incendio rovinò la città nel 1491. Solo quindici case non furono distrutte. La riforma fu effettuata contemporaneamente al resto della regione nel 1528. L'economia cominciò a passare lentamente da un'economia agricola a una più industriale nel XVI secolo. Una fabbrica tessile fu fondata nel 1732.
Nel 1798, la Repubblica Elvetica fu fatta e i signori di Berna furono rimossi. Il cantone di Argovia fu fondato e Lenzburg divenne la capitale del distretto nel 1803. Il cantone ottenne il castello nel 1804. Lenzburg divenne il centro economico della zona nel 19° secolo. Nel 1875, Lenzburg fu aggiunta al sistema ferroviario. La concorrenza per il commercio divenne eccessiva e Lenzburg andò in bancarotta solo un anno dopo. La città si riprese dalla bancarotta durante i successivi 10 anni.
Nel 1886, il drammaturgo tedesco Frank Wedekind visse nel castello che suo padre aveva comprato. Fu venduto nel 1892 ad August Edward Jessup di Filadelfia che spese molti soldi per restaurare il castello. Lo vendette a un banchiere di Chicago, James W. Ellsworth nel 1911. Il figlio di Ellsworth, Lincoln Ellsworth e Roald Amundsen usarono il castello per pianificare le loro esplorazioni polari negli anni 1920.
