La prima città europea, La Isabela, fu fondata da Colombo nel gennaio 1493 da Colombo vicino alla città di Puerto Plata; la città di Puerto Plata fu fondata nel 1502.
Nel 1605, le città di Puerto Plata, Monte Cristi, Bayajá e La Yaguana furono distrutte dal governatore Antonio de Osorio. Tutte le persone che vivevano in queste città dovettero trasferirsi in luoghi più vicini alla capitale a causa della quantità di commercio illegale che avveniva in queste città. Queste città formarono quelle che oggi sono Monte Plata e Bayaguana.
Fu creato come Distretto Marittimo (una categoria amministrativa speciale simile a una provincia e che è stata abbandonata) nel 1865. Faceva parte della provincia di Santiago prima di essere elevato alla categoria di provincia. La Costituzione dominicana del 1907 ha cambiato il suo status in provincia con i comuni di Puerto Plata, Altamira, Blanco e Bajabonico.
Nel 1959, Puerto Plata fu confermata come provincia con i comuni di Puerto Plata, Altamira, Imbert e Luperón, e il distretto municipale di Sosúa; la sua capitale era San Felipe de Puerto Plata.
Nel 1978, Sosúa e Los Hidalgos sono diventati comuni della provincia. Nel 1989, Villa Isabela divenne un comune, Guananico nel 1992 e Villa Montellano nel 2006.
La Isabela e Estero Hondo sono diventati distretti municipali nel 1998; Belloso, Cabarete e Sabaneta de Yásica nel 2002; La Jaiba nel 2003; Yásica Arriba nel 2005; Maimón, Río Grande e Estrecho de Luperón - Omar Bross nel 2006; e Gualete nel 2007.