La respirazione differisce tra le specie di salamandre. Le specie che non hanno polmoni respirano attraverso le branchie. Nella maggior parte dei casi, queste sono branchie esterne, visibili come ciuffi su entrambi i lati della testa, anche se le anfirie hanno branchie interne e fessure branchiali. Alcune salamandre che sono terrestri hanno polmoni che vengono utilizzati nella respirazione, anche se questi sono semplici e simili a sacche, a differenza degli organi più complessi che si trovano nei mammiferi. Molte specie, come l'Olm, hanno entrambi i polmoni e le branchie da adulti.
Alcune specie terrestri mancano sia di polmoni che di branchie ed effettuano lo scambio di gas attraverso la loro pelle, un processo noto come respirazione valeriana in cui i letti capillari sono diffusi in tutta l'epidermide, e all'interno della bocca. Anche alcune specie con polmoni possono respirare attraverso la pelle in questo modo.
La pelle delle salamandre secerne del muco. Questo aiuta a mantenere l'animale umido quando è sulla terra ferma, e mantiene il loro equilibrio salino quando sono in acqua, oltre a fornire un lubrificante durante il nuoto. Le salamandre secernono anche veleno da ghiandole nella loro pelle, e alcune hanno anche ghiandole cutanee per secernere feromoni di corteggiamento.
La caccia è un altro aspetto unico delle salamandre. Nelle salamandre senza polmoni, i muscoli che circondano l'osso ioide si contraggono per creare pressione ed effettivamente "sparano" l'osso ioide fuori dalla bocca insieme alla lingua. La punta della lingua è composta da un muco che crea un'estremità appiccicosa alla quale viene catturata la preda. I muscoli della regione pelvica sono usati per riavvolgere la lingua e lo ioide nella sua posizione originale.
Molte delle specie altamente acquatiche, tuttavia, non hanno muscoli nella lingua, e non la usano per catturare le prede, mentre la maggior parte delle altre specie hanno una lingua mobile, ma senza gli adattamenti all'osso ioide. La maggior parte delle specie di salamandra ha piccoli denti sia nella mascella superiore che in quella inferiore. A differenza delle rane, anche le larve delle salamandre possiedono questi denti.
Per trovare le loro prede, le salamandre usano la visione tricromatica a colori nella gamma ultravioletta. Le salamandre permanentemente sotterranee hanno occhi ridotti, che possono anche essere coperti da uno strato di pelle. Le larve, e gli adulti di alcune specie altamente acquatiche, hanno anche un organo di linea laterale, simile a quello dei pesci, che può rilevare i cambiamenti nella pressione dell'acqua. Le salamandre non hanno un orecchio esterno e solo un orecchio medio vestigiale.
Le salamandre possono far cadere la coda per sfuggire ai predatori. La coda si stacca e si dimena per un po', e le salamandre scappano o rimangono abbastanza ferme da non essere notate mentre il predatore è distratto. Le salamandre rigenerano abitualmente tessuti complessi. Entro poche settimane dalla perdita di un pezzo di arto, una salamandra riforma perfettamente la struttura mancante.
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