Tra il 1503 e il 1505, Nicolás de Ovando, governatore spagnolo di Hispaniola, fondò la città di Puerto Real (in inglese, "Royal Port") dove si trova l'attuale città di "Caracol", a ovest di Fort-Liberté. Ma presto questa città fu abbandonata e la gente si spostò verso l'est, fondando nel 1578 una nuova città con il nome Taíno della regione: Bayajá.
Nel 1606, le persone che vivevano nelle vecchie città spagnole di Bayajá e Yaguana dovettero, per ordine del re spagnolo, trasferirsi nella parte orientale dell'isola, in una nuova città chiamata Bayaguana, unendo i due vecchi nomi.
Più tardi, quando i francesi fondarono una nuova città in questo luogo, la chiamarono Fort-Dauphin nel 1731, dal nome del "Dauphin" (il "Delfino", figlio del re francese Luigi XV). Quando fu fondata la Repubblica francese, il nome fu cambiato in Fort-Liberté nel 1792. Dopo che Henri Christophe divenne re Henri I di Haiti nel 1811, ribattezzò la città Fort-Royal. Nel 1820, dopo la morte di Christophe, il nome fu cambiato di nuovo in Fort Liberté.
Forti intorno a Fort-Liberté
Ci sono diversi forti costruiti intorno alla baia. Uno importante è Fort Dauphin, talvolta chiamato Fort Saint Joseph (patrono della città) o Fort Liberté. Altri forti nella zona sono Fort de la Bouque, Batterie de l'Anse, Fort Saint Charles e Fort Saint Frédérique.