Sul lato sinistro del fiume Haut du Cap, Cristoforo Colombo costruì un piccolo forte con i resti della nave Santa María quando fu distrutta il giorno di Natale del 1492; chiamò il forte La Navidad (in inglese, "Christmas"). Questo forte fu il primo edificio europeo in America.
La regione intorno alla città aveva il nome Taíno di Guarico, il nome usato dai colonizzatori spagnoli per la regione e la nuova città. Quando i francesi vennero dall'isola Tortuga a vivere qui, fondarono la città nel 1670 e il re francese Luigi XIV nominò il luogo come Cap-Français nel 1711; fu poi la capitale della colonia di Saint-Domingue fino al 1770 quando Port-au-Prince divenne la nuova capitale.
La città fu distrutta dagli spagnoli nel gennaio 1691, dopo la battaglia di La Limonade; La Limonade è una savana a est di Cap-Haïtien. Più tardi, nel 1695, la città fu nuovamente distrutta dai soldati spagnoli e inglesi.
Haiti, conosciuta come Saint-Domingue durante il periodo coloniale, era la colonia più ricca della Francia, e Cap-Français era la città più ricca della colonia. La città era conosciuta allora come la "Parigi dell'ovest".
Durante la rivoluzione haitiana, ci fu una battaglia il 18 novembre 1803 a Vertières, vicino a Cap-Haïtien. In questa battaglia, l'esercito di Jean-Jacques Dessalines sconfisse un esercito coloniale francese guidato dal Comte de Rochambeau, portando all'indipendenza di Haiti il 1° gennaio 1804.
Dopo l'indipendenza di Haiti, il paese fu diviso in due parti e la parte nord fu fatta regno da Henri Christophe e il nome della città fu cambiato in Cap-Henry. Christophe fece di Milot, una città a 15 km a sud della città, la capitale del suo regno.
La città fu chiamata Cap-Haïtien dopo la morte di Christophe e quando Haiti tornò ad essere un solo paese.
