Gli archeologi ritengono che la specie sia sopravvissuta su Flores almeno fino a 12.000 anni fa. Questo lo rende l'umano non moderno più longevo. Ha anche vissuto più a lungo dei Neanderthal (H. neanderthalensis), che si sono estinti circa 24.000 anni fa.
A causa di un profondo stretto vicino, Flores è rimasta isolata durante l'ultima era glaciale. Per questo motivo, gli scopritori di H. floresiensis pensano che la specie, o i suoi antenati, devono aver raggiunto l'isola isolata con il trasporto acquatico circa 100.000 anni fa (o, se sono H. erectus, allora circa 1 milione di anni fa).
La geologia locale suggerisce che un'eruzione vulcanica su Flores circa 12.000 anni fa fu responsabile della fine dell'H. floresiensis e degli animali che vivevano sull'isola. Anche l'elefante Stegodon si estinse in questo periodo.
Storie di sopravvivenza successiva
Ci sono storie locali che una piccola razza di persone viveva sull'isola. Gli Ebu Gogo erano piccoli, pelosi e poveri di lingua, abitanti delle caverne. Si dice che fossero presenti al momento dell'arrivo delle prime navi portoghesi durante il XVI secolo. Si sostiene che queste creature siano esistite fino alla fine del XIX secolo. Gerd van den Bergh, un paleontologo che lavora con i fossili, ha riferito di aver sentito parlare degli Ebu Gogo dieci anni prima della scoperta del fossile. Sulla vicina isola di Sumatra, ci sono rapporti di un umanoide alto 1-1,5 m, l'Orang Pendek che potrebbe essere correlato a H. floresiensis.