Nel pomeriggio del giorno dell'incidente, JA8119 ha già completato due voli di andata e ritorno, JL503/504 da e per Sapporo, e JL363/366 da e per Fukuoka. Alle 17.17, l'aereo ha appena completato il volo JL366, ed era parcheggiato al punto 18 dell'aeroporto internazionale di Tokyo, pronto per il suo volo per Osaka, JL123.
Alle 18.04, l'aereo ha iniziato a rullare verso la pista. Il decollo è avvenuto alle 18.12, e l'aereo è salito alla sua altezza di crociera di 24000 piedi (circa 7300 metri). Fino a quel momento, tutto andava bene.
Alle 18.24, si è sentito improvvisamente un forte rumore, che era in realtà causato dal cedimento della paratia di pressione. Questo ha causato una decompressione esplosiva. L'aria si è precipitata fuori dall'aereo e ha fatto saltare la coda dell'aereo. Poiché tutte e quattro le linee idrauliche, che controllano l'aereo, si trovano nella coda, l'aereo divenne incontrollabile. 46 secondi dopo i piloti hanno squawkato 7700 (che significa che sono in emergenza) e hanno chiesto di tornare all'aeroporto internazionale di Tokyo. Tuttavia, anche se il controllore del traffico aereo ha approvato l'aereo per girare verso Tokyo, l'aereo ha stranamente iniziato a dirigersi verso la direzione nord-ovest. Alle 18.28, il controllore del traffico aereo di Tokyo ha chiesto ai piloti di girare a sinistra, ma ha ricevuto il messaggio dai piloti, "ora incontrollabile". A quel punto, l'aereo si stava muovendo in un modo chiamato movimento di scirocco, salendo fino a perdere velocità e stallo, poi il naso scende e guadagna velocità fino a quando l'aereo è in grado di salire di nuovo. Il moto sciroccale si è ripetuto fino alla fine del volo.
Alle 18.31, il controllore del traffico aereo ha chiesto all'aereo se può atterrare all'aeroporto di Nagoya, che era a 72 miglia (circa 133 km) dall'aereo. Tuttavia, i piloti volevano tornare a Tokyo. Tra le 18.35 e le 18.56, i piloti hanno lottato per controllare l'aereo senza la coda. Questo fallì, e l'aereo volò incontrollato verso le montagne.
Alle 18.56, l'ala destra dell'aereo ha colpito un crinale. L'aereo ha poi proseguito, si è schiantato contro un secondo crinale ed è esploso. 520 sono morti, mentre 4 sono sopravvissuti.
Il tempo impiegato dall'aereo per schiantarsi dopo il cedimento della paratia è di 32 minuti. L'incidente è stato il peggiore nella storia dell'aviazione per decompressione esplosiva.