I metanogeni sono microrganismi che producono il metano come sottoprodotto metabolico in condizioni anossiche. Gli organismi sono arcaici, un dominio diverso dai batteri. Sono comuni nelle zone umide, dove producono gas di palude.
I metanogeni sono comuni anche nel tratto digestivo di animali come i ruminanti e gli esseri umani. Il metano è spesso ruttato.
Nei sedimenti marini il metano viene prodotto quando i solfati sono bassi. Questo avviene sotto gli strati superiori. Le popolazioni di arcaie metanogeniche svolgono un ruolo importante nei trattamenti anaerobici delle acque reflue. Alcuni metanogeni sono estremofili, che si trovano in ambienti come le sorgenti calde e le bocchette idrotermali sottomarine, così come nella roccia "solida" della crosta terrestre, chilometri sotto la superficie.
I metanogeni convertono l'acido acetico in metano in un processo di fermentazione. Non confonderli con i metanotrofi, che utilizzano il metano per il loro fabbisogno di carbonio e di energia.