Il Mycoplasma genitalium è un piccolo batterio parassita che vive sulle cellule epiteliali ciliate del tratto genitale e respiratorio dei primati.
Ha uno dei più piccoli genomi conosciuti, ed è uno dei più piccoli batteri. Altri batteri molto piccoli sono l'endosimbionte Candidatus Carsonella ruddii, e il batterio di recente scoperta Nanoarchaeum. Il più piccolo batterio vivente libero conosciuto è Pelagibacter ubique con 1,3 Mb.
Il Mycoplasma genitalium è stato originariamente isolato nel 1980 dall'uretra di due uomini con uretrite non gonococcica. L'infezione da M. genitalium è abbastanza comune e si trasmette tra partner durante un rapporto sessuale non protetto. Può essere trattata con antibiotici. Molto resta da scoprire sul suo ruolo nelle malattie sessuali.
M. genitalium ha 525 geni. Ci sono 482 geni codificanti proteine in un cromosoma circolare di 582.970 coppie di basi. Uno studio iniziale del genoma di M. genitalium con sequenziamento shotgun fu fatto da Peterson nel 1993. Fu poi sequenziato da Fraser e altri. Si è scoperto che conteneva solo 470 regioni codificanti previste, compresi i geni necessari per la replicazione del DNA, la trascrizione e la traduzione, la riparazione del DNA, il trasporto cellulare e il metabolismo energetico. È stato il secondo genoma batterico completo mai sequenziato, dopo Haemophilus influenzae.