Alla fine del 1999, Jimmy Wales iniziò a pensare a un'enciclopedia online costruita da volontari. Nel gennaio 2000, assunse Larry Sanger per gestirla. Il progetto andò online il 9 marzo 2000. Nel novembre 2000, solo due articoli completi erano stati pubblicati.
Da quando ha iniziato, Nupedia era un'enciclopedia a contenuto libero. Bomis, la società di Jimmy Wales, aveva intenzione di ottenere denaro dalle pubblicità sul sito web di Nupedia. All'inizio, il progetto usava una licenza inventata da Wales e Sanger. Più tardi, iniziò ad usare la Nupedia Open Content License. Nel gennaio 2001, passò alla GNU Free Documentation License. Questo perché Richard Stallman e la Free Software Foundation dissero che avrebbero dovuto farlo.
Sempre nel gennaio 2001, Nupedia ha iniziato Wikipedia. All'inizio non voleva essere un'enciclopedia. Invece, era intesa come un progetto secondario per permettere alle persone di lavorare su articoli per Nupedia prima che fossero sottoposti a peer review. Quando Wikipedia è diventata più grande e ha attratto nuovi utenti, ha cominciato a funzionare senza Nupedia. Tuttavia, Larry Sanger guidò per primo l'attività su Wikipedia. Questo perché era l'editore capo di Nupedia.
Wikipedia ha portato alla graduale chiusura di Nupedia. Jimmy Wales decise di smettere di pagare Sanger nel dicembre 2001. Sanger lasciò quindi sia Nupedia che Wikipedia. Dopo che Sanger lasciò, Nupedia divenne ancora meno nota di Wikipedia. Siccome Nupedia fu usata sempre meno, l'idea di cambiare i suoi articoli in articoli di Wikipedia fu talvolta proposta. Tuttavia, non fu mai fatto. Dopo la sua chiusura, gli articoli di Nupedia furono spostati in Wikipedia.
