Una volta si pensava che i ratiti fossero tutti un gruppo monofiletico, che si sono evoluti insieme nel Gondwana nel Cretaceo superiore. Poi si sono evoluti in modo separato quando il Gondwana si è diviso e le parti si sono separate. Le parti divennero i moderni continenti meridionali, più l'Africa e il subcontinente indiano.
Tuttavia, l'analisi genetica moderna è in conflitto con questo. L'analisi del DNA mostra che i ratiti si sono differenziati l'uno dall'altro troppo recentemente per condividere un antenato gondwaniano comune. Tuttavia, tutte le analisi mostrano che i rheas (Sud America) e i ratiti australasiatici/oceanici viventi sono monofiletici.
L'analisi recente di venti geni nucleari suggerisce che i tinamidi volanti si raggruppano all'interno della stirpe dei ratiti. I timamidi sono il gruppo fratello dei ratiti australo-pacifici.
Se è così, questo renderebbe i "ratiti", nel loro insieme, parafiletici piuttosto che monofiletici. Poiché i tinamous sono deboli volatori, questo solleva domande interessanti sull'evoluzione dell'assenza di volo in questo gruppo. Se i timamous sono all'interno della stirpe dei ratiti, allora i ratiti hanno evoluto l'assenza di volo almeno tre volte. La ri-evoluzione del volo nei tinamous sarebbe una spiegazione alternativa, ma questo non ha precedenti nell'evoluzione degli uccelli, mentre la perdita del volo è comune.
