Di seguito è riportata una cronologia della stagione degli uragani atlantici del 2006, che elenca tutte le formazioni di tempeste, il rafforzamento, l'indebolimento, le discariche, le transizioni extratropicali, così come la dissipazione. La stagione 2006 degli uragani atlantici è stata una stagione in cui un evento di El Niño ha interrotto gran parte dell'attività dei cicloni tropicali, soprattutto più tardi nella stagione. La stagione è iniziata ufficialmente il 1° giugno 2006 ed è durata fino al 30 novembre. Per comodità e chiarezza, nella linea temporale qui sotto, tutti gli atterraggi sono in grassetto. La linea temporale include anche informazioni che non sono state rese note dal punto di vista operativo, il che significa che sono state incluse informazioni provenienti dalle revisioni post-tempesta del National Hurricane Center, come ad esempio informazioni su una tempesta che non è stata avvertita dal punto di vista operativo.

La barra grafica qui sopra fornisce una breve panoramica dell'attività della tempesta durante la stagione e, per comodità, l'intensità massima della tempesta è inclusa come barra di colore. La Tropical Storm Zeta dal 2005 persisteva fino al 2006, pertanto nella timeline del testo è stata inclusa una sezione di gennaio.