Nel luglio del 1863, il popolo degli Stati Uniti vide i peggiori disordini nella storia della nazione. A New York City, i rivoltosi protestavano contro la prima leva militare americana. Credevano che questa leva fosse ingiusta. Pesava pesantemente contro i poveri e permetteva ai ricchi di comprarsi una via d'uscita. I rivoltosi distrussero diversi edifici, incluso il Colored Orphan Asylum, e linciarono i neri dai lampioni. Tra 105 e 128 persone morirono durante i quattro giorni di disordini.
Le canzoni di Foster non avevano venduto bene nei mesi precedenti le rivolte. I suoi giorni migliori come cantautore erano finiti. Il suo pubblico si era diviso lungo linee politiche, economiche e razziali. Sabato 9 gennaio 1864, Foster si sentì male e andò a letto presto. Alloggiava in un albergo povero ma decente sulla Bowery. Domenica mattina, parlò con una cameriera alla sua porta, poi si girò e cadde, rompendo un pezzo di stoviglie che gli squarciò il collo. Il suo compagno George Cooper (che viveva a soli quattro isolati di distanza) fu mandato a chiamare. Trovò Foster nudo in una pozza di sangue. Il cantautore sussurrò: "Sono finito" e chiese da bere.
Arrivò un medico e lo squarcio fu ricucito. Foster fu vestito e portato in un reparto per i poveri al Bellevue Hospital. Fu iscritto nel registro come "operaio". Era a disagio e non gli piaceva il cibo. Il 13 gennaio, stava mangiando una zuppa quando è svenuto. Il suo cadavere fu messo in una bara e portato all'obitorio dell'ospedale. Nella sua tasca furono trovate alcune monete e un pezzo di carta con la scritta: "Cari amici e cuori gentili".
La causa della sua morte non è nota. Probabilmente fu una combinazione di alcolismo, cattiva alimentazione e perdita di sangue, o un attacco di cuore o un ictus. Jane Foster e i fratelli di Stephen, Henry e Morrison, reclamarono il corpo e lo portarono in Pennsylvania per la sepoltura. Il servizio funebre si tenne nella Trinity Episcopal Church, a Pittsburgh, il 21 gennaio. La bara di Foster fu accolta al cimitero di Allegheny da una banda di ottoni che suonava le sue canzoni. Fu sepolto vicino a suo padre e sua madre.
La sua morte non fu registrata nella maggior parte dei giornali. Il New York Post tuttavia paragonò le sue melodie a quelle di Donizetti. La Round Table scrisse che Foster era "uno scrittore dilettante" che conosceva appena le regole della composizione musicale. La Tavola ha però lodato il suo pathos e il suo umorismo.
Molte canzoni furono promosse dopo la morte di Foster come le sue ultime canzoni. "The Voices That are Gone" (pubblicata nel 1865) e "Kiss Me Mother Ere I Die" (1869) sono probabilmente, davvero, i suoi ultimi lavori. Nell'agosto del 1864, un ingegnere di origine prussiana comprò The White Cottage e lo demolì.