Il 24 luglio 1844, dopo l'indipendenza dominicana, il governo creò cinque dipartimenti (un altro nome per provincia); uno di questi dipartimenti era quello di El Seibo, con i comuni di El Seibo, Hato Mayor, Higüey e Samaná. La prima costituzione dominicana mantenne quella divisione, ma come province invece di dipartimenti.
La provincia originale aveva tutta la parte orientale di Hispaniola, compresa la penisola di Samaná. Ma presto la provincia fu ridotta per fare nuove province. Le prime due nuove province fatte con le terre della provincia di El Seibo furono Samaná nel 1865 e San Pedro de Macorís nel 1882.
Nel 1961, la vecchia provincia di La Altagracia, che più tardi fu divisa nelle province di La Altagracia e La Romana, fu ricavata dalla provincia di El Seibo. L'ultima provincia creata con parte di El Seibo fu Hato Mayor nel 1984.
Gli abitanti di questa provincia parteciparono alla guerra contro Haiti durante la guerra d'indipendenza; il leader era Pedro Santana, che aveva una fattoria vicino alla città di El Seibo e che divenne il primo presidente del paese.
Prima di allora, gli abitanti di El Seibo combatterono contro l'esercito francese. La battaglia più importante fu quella di Palo Hincado vinta dai dominicani il 7 novembre 1808, in una savana (Palo Hincado Savanna) a est di Santa Cruz del Seibo. Presto i francesi dovettero lasciare il paese e l'intera isola; avevano perso anche Haiti.
I distretti comunali della provincia sono stati creati in:
- 1997 : Pedro Sánchez
- 2001 : El Cedro
- 2005 : La Gina
- 2006 : San Francisco-Vicentillo e Santa Lucía