Samaná fu visitata da Cristoforo Colombo nel gennaio del 1493, durante il suo primo viaggio nelle Americhe. In quel momento Samaná era occupata dai Ciguayos, una tribù di nativi americani con la stessa cultura dei Taínos ma una lingua diversa. Furono i primi indiani a combattere contro gli europei.
Dopo la conquista dell'isola di Hispaniola da parte degli spagnoli, Samaná fu occupata da diversi gruppi di europei, soprattutto francesi. Alcuni gruppi di maroon (schiavi fuggiti) vissero sulle montagne per molti anni.
Per combattere contro questi gruppi europei, la Spagna portò delle galee (una galea era una stretta nave da guerra in cui si usavano prigionieri e schiavi per muovere la nave), e fondò nel 1756 la città di Santa Bárbara de Samaná sulla costa settentrionale della baia di Samaná, con gente delle Isole Canarie.
Quando la parte orientale di Hispaniola (la colonia di Santo Domingo) fu data alla Francia nel 1795, il governo francese cercò di sviluppare la regione, e molte famiglie francesi si trasferirono a Samaná per coltivare caffè; molti luoghi di Samaná hanno nomi francesi. La maggior parte di queste famiglie francesi lasciarono Samaná quando la Spagna riprese la colonia nel 1809.
Durante l'occupazione haitiana (1822 - 1844), fu costruito un forte a Los Cacaos (a ovest di Santa Bárbara de Samaná) per controllare la baia di Samaná; un altro piccolo forte fu costruito a El Limón, sulla costa nord.
Jean-Pierre Boyer, presidente di Haiti, mandò alcune famiglie haitiane a vivere a Tessón, a nord di Santa Bárbara de Samaná. Boyer portò ex schiavi da Filadelfia a vivere nel paese, e 200 di loro furono portati a vivere a Samaná. Sia la popolazione haitiana che quella americana mantennero le loro lingue e tradizioni.
Dopo l'indipendenza, diversi governi dominicani hanno cercato di vendere o affittare la baia di Samaná, con la penisola, a diversi governi stranieri, ma senza alcun risultato.
Nel 1888, la ferrovia da Sánchez a La Vega (nella provincia di La Vega) iniziò a percorrere la ricca regione del Cibao. Sánchez divenne il porto più importante del paese durante il resto del XIX secolo e l'inizio del XX secolo. La ferrovia funzionò fino al 1966.
Fu creato come distretto marittimo (una categoria amministrativa speciale che è stata abbandonata) il 4 giugno 1867. La Costituzione dominicana del 1907 cambiò il suo status in provincia con i comuni di Samaná e Sánchez. Nel 1966, Las Terrenas divenne il terzo comune della provincia.
El Limón è diventato un comune nel 2001, Arroyo Barril nel 2003 e Las Galeras nel 2005.